SARS-CoV-2 Eficacitatea infecției și a vaccinurilor în Anglia (REACT-1): O serie de sondaje aleatorii ale comunității transversale

Contact: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 E-mail:audrey.hu@wecistanche.com

Marc Chateau-Hyam, Haowei Wang*, Oliver Eales*, David Haw*, Barbara Bodinier*, Matthew Whitaker, Caroline E Walters, Kylie EC Ainslie, Christina Atchison, Claudio Fronterre, Peter J Diggle, Andrew J Page, Alexander J Trotter, Deborah Ashby, Wendy Barclay, Graham Taylor, Graham Cooke, Helen Ward, Ara Darzi, Steven Riley, Christl A Donnelly†, Paul Elliott†, în colaborare cu consorțiul COVID-19 Genomics UK

rezumat

Context: Anglia a cunoscut un al treilea val al epidemiei de COVID{{0}} de la sfârșitul lunii mai{{40}}21, care coincide cu răspândirea rapidă a deltei (B. 1.617.2), în ciuda nivelurilor ridicate de vaccinare în rândul adulților. Ratele de vaccinare (doză unică) în Anglia sunt mai scăzute în rândul copiilor cu vârsta cuprinsă între 16-17 ani și 12-15 ani, a căror vaccinare în Anglia a început în august și, respectiv, pe 2021 septembrie. Ne-am propus să analizăm modelele de dinamică subiacente în prevalența SARS-CoV-2 în 2021 septembrie, în Anglia. Metode: Studiul de evaluare în timp REAL a transmiterii comunitare-1 (REACT-1), care a început colectarea datelor în 2 mai02{{10{{128} }}}, implică o serie de anchete transversale aleatorii în populația generală a Angliei cu vârsta de 5 ani și mai mult. Folosind datele pozitive ale tamponului RT-PCR de la {{2{0}} participanți cu tampoane valide pentru gât și nas în runda 14 din REACT-1 (9-27 septembrie, 2021), am estimat prevalența la nivel comunitar a SARS-CoV-2 și eficacitatea vaccinului împotriva infecției, combinând datele din runda 14 cu datele din runda 13 (24 iunie - 12 iulie, 2021; n{{34} }). Constatări: în 2 septembrie021, am estimat o rată medie de pozitivitate RT-PCR de 0·83% (95% CrI 0·76–0·89), cu un număr de reproducere (R) total de 1,03 (95% CrI 0,94–1,14). Dintre cele 475 (62,2 la sută) din 764 de tampoane pozitive secvențiate, toate au fost din varianta delta; 22 (4.63%; 95% CI 3.07-6.91) au inclus mutația Tyr145His în proteina spike asociată cu sublinietatea AY.4 și a existat o mutație Glu484Lys. Vârsta, regiunea, statutul de lucrător cheie și dimensiunea gospodăriei au contribuit împreună la riscul de pozitivitate a tamponului. Cea mai mare prevalență ponderată a fost observată în rândul copiilor cu vârsta cuprinsă între 5 și 12 ani, la 2,32 la sută (95 la sută CrI 1,96–2,73) și la cei cu vârsta între 13 și 17 ani, la 2,55 la sută (2,11–3). ·08). Epidemia SARS-CoV-2 a crescut la cei cu vârsta cuprinsă între 5 și 11 ani, cu un R de 1,42 (95% CrI 1,18–1,68), dar a scăzut la cei cu vârsta cuprinsă între 18 și 54 de ani, cu un R de 0,81 (0,68–0,97). La vârste cuprinse între 18-64 de ani, eficacitatea ajustată a vaccinului împotriva infecției a fost de 62,8 la sută (IC 95 la sută 49,3–72,7) după două doze, comparativ cu persoanele nevaccinate, pentru toate vaccinurile combinate, 44,8 la sută (22 ·5–60·7) pentru vaccinul ChAdOx1 n Cov-19 (Oxford–AstraZeneca) și 71,3% (56,6–81,0) pentru vaccinul BNT162b2 (Pfizer–BioNTech). La persoanele cu vârsta de 18 ani și peste, prevalența ponderată a pozitivității tamponului a fost de 0,35% (95% CrI 0,31–0,40) dacă a doua doză a fost administrată cu până la 3 luni înainte de tamponare, dar 0,55% ( 0,50–0,61) pentru cei care au primit a doua doză cu 3–6 luni înainte de tamponare, comparativ cu 1,76% (1,60–1,95) în rândul persoanelor nevaccinate.Interpretare:În septembrie 2021, la începutul trimestrului școlar de toamnă în Anglia, infecțiile creșteau exponențial la copiii cu vârsta cuprinsă între 5 și 17 ani, într-o perioadă în care ratele de vaccinare erau scăzute la această grupă de vârstă. La adulți, în comparație cu cei care au primit a doua doză cu mai puțin de 3 luni în urmă, prevalența mai mare a pozitivității tamponului la 3-6 luni după două doze de vaccin COVID-19 sugerează un risc crescut de infecții incipiente în această perioadă. . Programul de vaccinare trebuie să ajungă la copii, precum și la adulții nevaccinați și parțial vaccinați pentru a reduce transmiterea SARS-CoV-2 și întreruperile asociate la muncă și educație. Finanțare Departamentul de Sănătate și Asistență Socială, Anglia.

beneficii cistanche pentru sănătate: îmbunătățește imunitatea

Introducere

Regatul Unit s-a confruntat cu una dintre cele mai ridicate rate de infectare cu SARS-CoV-2 și de deces cu COVID{-19 din Europa de la începutul pandemiei. Cu toate acestea, Regatul Unit a fost, de asemenea, una dintre primele țări care a implementat un program național de vaccinare, începând cu decembrie 2020, cu lansare către populație vizată inițial către cei mai expuși riscului, inclusiv persoanele în vârstă (începând cu cei cu vârsta mai mare sau egală cu 80 de ani). ani), lucrătorii din domeniul sănătății și din domeniul asistenței sociale și persoanele cu afecțiuni specifice de sănătate.1

Răspândirea rapidă a variantei deltei (B.1.617.2) în Anglia din mai 2021 a coincis cu al treilea val de infecții2, iar prevalența infecțiilor a rămas ridicată până în vară și nu numai. În august 2021, incidența cazurilor confirmate prin RT-PCR de infecție cu SARS-CoV-2 prezentate programului național de testare din Anglia (Pilonul 2) a crescut treptat cu peste 10% în ansamblu.

În septembrie 2021, lansarea programului național de vaccinare împotriva COVID-19 în Anglia a fost extinsă pentru a oferi o (a treia) doză de rapel, la cel puțin 6 luni după a doua doză, lucrătorilor din domeniul sănătății și asistenței sociale, toate persoanele mai în vârstă. peste 50 de ani și persoanele mai tinere expuse riscului. Această extensie a inclus și vaccinarea copiilor mai mari de vârstă școlară (cu vârsta mai mare sau egală cu 12 ani), cărora li sa oferit inițial o singură doză de vaccin în Marea Britanie. Cu toate acestea, până la mijlocul lunii septembrie 2021, numărul persoanelor care au primit primele doze de vaccinare a scăzut la cel mai scăzut nivel (puțin sub 21000 de doze pe zi, în medie, în Marea Britanie) de la cel puțin la jumătatea lunii ianuarie 2021 (cele mai vechi date disponibile public) . Cu toate acestea, începând cu 26 septembrie 2021, aproape 90% dintre persoanele cu vârsta de 18 ani și mai mult din Anglia primiseră prima doză, mai mult de 83% primiseră a doua doză și 13% primiseră o a treia doză de vaccin. Dintre copiii cu vârsta cuprinsă între 12 și 17 ani, 8,9 la sută au primit o singură doză. Aproximativ 53 la sută dintre adulți au fost vaccinați cu vaccinul ChAdOx1 nCov-19 (Oxford–AstraZeneca) și 47 la sută cu vaccinul BNT162b2 (Pfizer–BioNTech) sau ARNm-1273 (Moderna)3; toți copiii vaccinați cu vârsta cuprinsă între 12 și 17 ani au primit o doză de vaccin BNT162b2 (Pfizer–BioNTech) sau ARNm-1273 (Moderna).

La începutul lunii septembrie 2021, copiii cu vârsta cuprinsă între 5 și 17 ani din Anglia s-au întors la școală, Departamentul pentru Educație nu mai recomandă că este necesar să se mențină copiii în grupuri inconsecvente (denumite bule sociale). În plus, școlile nu mai trebuiau să efectueze urmărirea contactelor, contactele apropiate din școli fiind acum identificate de programul național de urmărire a contactelor (serviciul de testare și urmărire a Serviciului Național de Sănătate al Regatului Unit [NHS]).4 În timpul acestei prime luni de întoarcere a copiilor la școală , incidența cazurilor confirmate de SARS-CoV-2 în Anglia înregistrate prin Pilonul 2 a scăzut la un nivel scăzut la mijlocul lunii septembrie 2021, apoi a crescut din nou, dar în general a fost relativ stabilă. Acest lucru este în contrast puternic cu situația din Scoția, unde incidența cazurilor confirmate de SARS-CoV-2 a crescut cu peste 450% în luna august, într-o perioadă în care copiii de vârstă școlară (cu vârste între 5 și 17 ani) în Scoția s-a întors la școală.5 Asemenea tendințe la nivel național (și mai mult locale) depind în mare măsură de context, inclusiv de prevalența locală și dinamica transmiterii variantei deltei, întoarcerea la școală, schimbări în tiparele de amestecare socială, munca acasă versus munca la birou. și nivelurile de imunitate induse de vaccin și dobândite în mod natural.

Aici, descriem modelele de dinamică care stau la baza prevalenței SARS-CoV-2 în septembrie 2021, în Anglia, analizând pozitivitatea tamponului RT-PCR din cea de-a paisprezecea rundă de colectare a datelor a Evaluării în timp REAL a transmiterii comunitare{{ 5}} (REACT-1) studiu.6,7 În această rundă, s-au obținut tampoane pe gât și nas dintr-un eșantion aleatoriu din populația Angliei din 9 septembrie până pe 27 septembrie 2021. De asemenea, am combinat datele din runda 14 cu date din runda 13, în care au fost obținute tampoane în perioada 24 iunie - 12 iulie 2021.

pulbere de extract de cistanche

Metode

Populația de studiu

Metodele de studiu REACT-1 au fost raportate în altă parte.7 Pe scurt: cu colectarea datelor începând cu 1 mai 2020, am invitat în studiu eșantioane transversale aleatorii ale populației din Anglia (cu vârsta mai mare sau egală cu 5 ani ). Datele au fost obținute lunar pe o perioadă de 2-3 săptămâni, cu excepția lunii decembrie 2020 și august 2021, când nu a fost efectuat niciun sondaj. La fiecare rundă de colectare a datelor, persoane numiți din lista NHS de pacienți înregistrați la un medic generalist din Anglia au fost invitate să participe la studiu, pe baza listelor obținute de la NHS Digital.

De la 1 mai 2020 (începutul rundei 1), până la 3 mai 2021 (sfârșitul rundei 11), am urmărit un număr aproximativ egal de participanți în fiecare dintre cele 315 autorități locale de nivel inferior din Anglia (combinând Insulele Scilly cu Cornwall și City of London cu Westminster), dar din runda 12 (20 mai - 7 iunie 2021) încolo, am modificat procedura de eșantionare pentru a obține un eșantion aleatoriu proporțional cu populația de la nivelul autorității locale de nivel inferior. Acest lucru a crescut eșantionarea în zonele din interiorul orașului cu densitate mai mare a populației, deși raportarea prevalenței nu a fost afectată, deoarece am ponderat datele la fiecare rundă pentru a fi reprezentative pentru Anglia în ansamblu (descris mai jos).

Date de testare RT-PCR și vaccinare

Participanții au furnizat un tampon pentru gât și nas auto-administrat (sau un părinte sau tutore a obținut un tampon pentru copiii cu vârsta cuprinsă între 5 și 12 ani) urmând instrucțiuni scrise și video. Tampoanele au fost trimise la un laborator central pentru analize prin RT-PCR. Acidul nucleic extras a fost analizat pentru prezența sau absența SARS-CoV-2 cu kitul ViroBOAR 1·0 RT-qPCR (Eurofins Genomics, GmbH, Ebersberg, Germania) pentru SARS-CoV{{10} }} pe Roche Lightcycler 480 II pentru a detecta în paralel două gene ținte: gena N și gena E. Testul are o specificitate apropiată de 100 la sută și o limită de detecție de zece copii pe microlitru. Probele au fost considerate pozitive fie dacă cele două ținte ale genelor (gena N și gena E) au fost detectate, fie dacă gena N a fost detectată cu o valoare a pragului ciclului (Ct) mai mică de 37.

Pentru runda 14, am modificat modul în care au fost manipulate probele de tampon. Din runda 1 (începând cu 1 mai 2020) până în runda 13 (încheind 12 iulie 2021) am folosit tampoane uscate trimise refrigerate la laborator prin curier pentru testarea RT-PCR. În runda a 14-a, am trecut la tampoane umede în soluție salină, care apoi au fost alocate aleatoriu pe o bază 1:1 pentru a fi trimise fie prin curier (n=46 705 tampoane valide returnate) fie prin poștă (n{{12} }).

Ca parte a studiului REACT-1, am obținut date despre vârsta, sexul, adresa și codul poștal rezidențial din registrul NHS, cu informații suplimentare despre demografie, sănătate (inclusiv starea de vaccinare auto-raportată) și stilul de viață derivat din un chestionar online sau telefonic. Participanților li s-a cerut consimțământul pentru conectarea la înregistrările lor NHS, inclusiv datele din programul de imunizare COVID-19. Starea vaccinării din legătura de date a fost derivată cu presupunerea că o doză ar fi eficientă numai după 14 zile sau mai mult după injectare. Persoanele nevaccinate au fost, prin urmare, definite ca fiind acelea care nu au primit nicio doză de vaccin sau au primit o doză cu mai puțin de 14 zile înainte de tamponare; Persoanele vaccinate cu doză unică au fost definiți ca fiind cei care au primit o doză cu 14 zile sau mai mult înainte de tamponare și fie nici o a doua doză, fie o a doua doză cu mai puțin de 14 zile înainte de tamponare, iar persoanele care au primit două doze de vaccin au fost definiți ca fiind cei care au primit a doua doză a acestora cu 14 zile sau mai mult înainte de tamponare.

Secvențierea genomului viral

După testarea RT-PCR, probe pozitive cu valori ale genei N Ct mai mici de 34 și cu material suficient au fost congelate și trimise pentru secvențierea genomului viral la Institutul Quadram, Norwich, Marea Britanie. Protocolul de secvențiere ARTIC SARS-CoV-28 a fost utilizat pentru amplificarea ARN viral și platforma CoronaHiT a fost utilizată pentru pregătirea bibliotecilor de secvențiere. cu PangoLEARN.11

analize statistice

Analizele statistice au fost efectuate în software-ul R (R versiunea 4.0.5 (31.03.2021, Shake and Throw). Am calculat prevalența neponderată SARS-CoV-2 în funcție de socio-demografie, ocupaționale și altele grupurile prin împărțirea numărului de pozitivitate a tamponului (din RT-PCR) la numărul de tampoane valide returnate.Am folosit ponderarea jantei12 pentru a obține prevalența ponderată pentru a fi reprezentativă pentru populația Angliei în ansamblu.

Am folosit un model exponențial de creștere sau decădere pentru a analiza tendințele pozitivității tamponului în timp. Am presupus că numărul de probe pozitive (din numărul total de probe) în fiecare zi a apărut dintr-o distribuție binomială bazată pe ziua tamponării sau, dacă nu este disponibilă, ziua recoltării probei (curier) sau prima scanare a probei de către Oficiu poștal, dacă este trimis prin poștă. Am estimat intervalele credibile posterioare (CrIs) folosind un eșantionare bivariat No-U-Turn presupunând distribuții anterioare uniforme ale probabilității de pozitivitate a tamponului în ziua zero și rata de creștere.13 Am estimat numărul de reproducere (R) presupunând că timpul de generare a fost distribuit gamma. cu parametrul de formă n=2·29 și parametrul de rată =0·36 (corespunzând unui timp mediu de generare de 6·29 zile).14

Potrivim un model Bayesian de tip spline penalizat (P-spline)16 la datele zilnice folosind date din toate rundele de REACT-1. Estimarea prevalenței zilnice a pozitivității tamponului a folosit un Sampler fără întoarcere în U în spațiul logit, cu datele segmentate în secțiuni de aproximativ 5-zi prin noduri distanțate în mod regulat (oferind un echilibru adecvat între rezoluția în timp și fezabilitatea computațională), și alte noduri incluse dincolo de perioada de studiu pentru a minimiza efectele de margine. Am potrivi, de asemenea, P-spline la datele REACT-1 stratificate în funcție de vârstă ca mai sus, în care o P-spline a fost potrivită separat pentru fiecare grup de vârstă, dar parametrul de netezire, ρ, s-a presupus a fi cea mai bună valoare de potrivire obținută pentru ca modelul să se potrivească cu toate datele. Pentru claritate, deși estimările se bazează pe setul complet de date REACT-1, aici raportăm doar estimări pentru zilele de colectare din runda 14.

Am estimat eficacitatea vaccinului împotriva infecției cu SARS-CoV-2 combinând datele din rundele 13 și 14 pentru a crește puterea statistică. Am estimat eficacitatea vaccinului ca 1-odds ratio (OR), în cazul în care OR a fost obținut dintr-un model de regresie logistică a riscului de pozitivitate a tamponului la cei vaccinați dublu (adică, cei cu două doze, cu a doua doză administrată mai mult de 14 zile). înainte de tamponare) și indivizii nevaccinați, cu ajustare pentru rundă, apoi suplimentar pentru vârstă și sex și ajustare ulterioară pentru un indice de chintilă de privare multiplă și etnie. Am obținut aprobarea de etică a cercetării de la Comitetul de etică a cercetării South Central-Berkshire B (sistemul integrat de aplicare a cercetării [IRAS] ID: 283787).

beneficiile extractului de cistanche

Rezultate

Din 822176 de persoane invitate să participe la runda 14, 147393 (17,9 la sută ) s-au înregistrat și 100527 (12,2 la sută ) au furnizat un tampon cu un rezultat RT-PCR valid, iar 87966 (87,5 la sută ) și-au dat acordul pentru conectarea datelor . În runda a 13-a, au fost invitați 841227 de participanți; 147332 au fost înregistrate, iar 98233 (66,7 la sută) dintre ei au furnizat un tampon cu un rezultat valid RT-PCR. Combinarea datelor legate din ambele runde a dus la 172862 de participanți, inclusiv 102142 (49923 în runda 13 și 52219 în runda 14) cu vârsta cuprinsă între 18 și 64 de ani, care au fost incluși în analizele noastre de eficacitate a vaccinului (anexa p 7). O descriere a caracteristicilor participanților REACT-1 din runda 13 și runda 14 a arătat că cei care au fost de acord cu conectarea datelor aveau mai multe șanse să fie bărbați, cu vârsta de 45 de ani sau mai mult, care nu locuiesc în Londra, White, dintr-o singură persoană. gospodărie și să fi experimentat simptome legate de COVID{33}. Cele mai multe dintre aceste diferențe au fost relativ mici (anexa p 2). Prevalența a fost ușor mai mare, iar valorile Ct pentru probele pozitive puțin mai mici în tampoanele colectate prin curier decât în ​​cele trimise prin poștă (anexa pp 3, 8).

Din cele 100527 de tampoane valide din runda 14, 764 au fost pozitive, dând o prevalență de 0·83% (95% CrI 0·76–{{ 57}}·89) ponderate pentru a fi reprezentative pentru populația Angliei (anexa p 4). Cea mai mare prevalență ponderată în perioada 2021 septembrie, a fost observată la adolescenții cu vârsta cuprinsă între 13 și 17 ani, la 2,55% (95% CrI 2,11–3,08) și la copii în vârstă de 5–12 ani, la 2,32 la sută (1,96–2,73; tabel 1, anexa p 9). P-spline pentru runda 14, potrivită cu datele din toate rundele REACT-1, a indicat o tendință stabilă sau de creștere a prevalenței pozitivității tamponului (figura 1A), cu R estimat la 1·{{68} }3 (95% CrI 0·94–1·14) la toate vârstele combinate (tabelul 2). P-splines-urile ajustate au indicat o prevalență în creștere la vârstele de 5-11 ani și o prevalență în scădere la vârstele 18-54 de ani (figura 1B), cu o probabilitate posterioară mai mare de 99% ca rata de creștere să fie diferită între aceste două grupuri. R-ul corespunzător a fost 1·42 (95% CrI 1·18–1·68), cu o probabilitate posterior mai mare de 0·99 ca R să fie mai mare de 1 la vârstele 5-11 ani; R a fost 0·95 (0·76–1·16), cu o probabilitate posterioară de 0,32 ca R să fie mai mare decât 1 la cei cu vârsta cuprinsă între 12–17 ani; iar R a fost 0,81 (0,68–0,97), cu o probabilitate posterioară de 0,01 ca R să fie mai mare decât 1 la cei cu vârsta cuprinsă între 18 și 54 de ani (tabelul 2).

Weighted prevalence also varied by region (table 1; appendix p 9), ranging from 0·57% (95% CrI 0·45–0·72) in the South East to 1·25% (1·00–1·57) in Yorkshire and The Humber. Within round 14, there was evidence of epidemic growth (with a posterior probability greater than 0·99 that R>1) în Londra, cu un R de 1,59 (95% CrI 1,23–1,99) și în East Midlands, cu un R de 1,36 (1,05–1,73; tabelul 2) .

Am găsit o prevalență ponderată mai mare a pozitivității tamponului în rândul participanților de etnie neagră, la 1,41% (95% CrI 0·91–2,19), în comparație cu cea a participanților albi, la 0 ·78 la sută (0·72–0·85; tabelul 1). Participanții care trăiesc în gospodării mai mari au avut o prevalență ponderată mai mare decât cei din gospodăriile mai mici, variind de la 0·33% (95% CrI 0·25–0·44) pentru o singură persoană gospodăriilor la 1,75 la sută (1,24–2,46) pentru gospodăriile cu șase sau mai multe persoane (tabelul 1). Prevalența a fost, de asemenea, mai mare în gospodăriile cu unul sau mai mulți copii, la 1,37 la sută (95 la sută CrI 1,22–1,52), comparativ cu 0·4{0 la sută ({{4{ {49}}}}·35–0·46) pentru gospodăriile fără copii; iar prevalența ponderată a fost de 7,35% (6,50–8,31) printre cei care au raportat că au fost în contact cu un caz confirmat de COVID-19, comparativ cu 0,43% (0,38) –0·49) printre cei fără un astfel de contact (Tabelul 1).

Folosind statutul de vaccinare auto-raportat, am găsit o prevalență mai mare la participanții nevaccinați (toate vârstele), la 1,73% (95% CrI 1,42–2,12), comparativ cu cei care raportau două doze de vaccin, la {{8. }}·56 la sută ({{10}}·50–0·62; tabelul 1).

În analiza de regresie logistică multivariabilă, lucrătorii cheie, alții decât lucrătorii din domeniul sănătății și lucrătorii din casele de îngrijire, au avut un risc crescut de pozitivitate a tamponului în comparație cu alți lucrători (OR 1·35 [95% CI 1.10–1.66]; tabelul 3) . Pozitivitatea tamponului a fost, de asemenea, mai mare odată cu creșterea dimensiunii gospodăriei (OR ajustat reciproc 1,77 [95% CI 1,44–2,17] pentru gospodăriile de trei până la cinci persoane și 2,37 [1,62–3,47] pentru gospodării de șase sau mai multe persoane), comparativ cu gospodăriile cu una sau două persoane.

Am reunit datele legate de vaccinuri din rundele 13 și 14 (172862 participanți în total, 19325 în vârstă<18 years,="" 102142="" aged="" 18–64="" years,="" and="" 51395="" aged="" ≥65="" years).="" because="" of="" the="" relatively="" small="" numbers="" of="" individuals="" vaccinated="" below="" the="" age="" of="" 18="" years,="" corresponding="" participants="" (n="19325)" were="" excluded="" from="" our="" vaccine="" effectiveness="" analyses.="" weighted="" prevalence="" was="" higher="" for="" those="" who="" received="" their="" second="" dose="" 3–6="" months="" before="" their="" swab="" than="" for="" those="" whose="" second="" dose="" was="" up="" to="" 3="" months="" before="" their="" swab="" (0·55%="" [95%="" cri="" 0·50–0·61]="" vs="" 0·35%="" [0·31–0·40];="" figure="" 2a;="" appendix="" p="" 5).="" the="" weighted="" prevalence="" for="" individuals="" whose="" second="" dose="" was="" administered="" more="" than="" 6="" months="" before="" their="" swab="" was="" similar="" to="" that="" of="" those="" vaccinated="" within="" 3–6="" months="" of="" their="" swab,="" at="" 0·52%="" (95%="" cri="" 0·33–0·78),="" but="" with="" a="" wider="" credible="" interval.="" the="" age="" distribution="" of="" participants="" by="" vaccination="" status="" indicated,="" as="" expected="" from="" the="" age-based="" rollout="" of="" the="" vaccine="" program="" in="" england,="" a="" higher="" proportion="" of="" individuals="" aged="" 35="" years="" and="" older="" among="" those="" who="" had="" received="" two="" vaccine="" doses="" compared="" to="" those="" who="" had="" received="" a="" single="" dose,="" or="" those="" who="" were="" unvaccinated="" (appendix="" p="" 5).="" nevertheless,="" among="" those="" who="" had="" received="" two="" vaccine="" doses,="" we="" observed="" similar="" age="" distributions="" in="" people="" who="" had="" received="" their="" second="" dose="" 3–6="" months="" or="" more="" than="" 6="" months="" before="" swabbing.="" regardless,="" in="" individuals="" aged="" 18="" years="" and="" older="" with="" linked="" data="" on="" vaccination="" status,="" the="" weighted="" prevalence="" in="" unvaccinated="" people,="" at="" 1·76%="" (95%="" cri="" 1·60–1·95),="" was="" three="" to="" five="" times="" higher="" than="" in="" double-vaccinated="" individuals,="" at="" 0·47%="" (0·43–0·51).="" reflecting="" the="" rollout="" of="" the="" vaccine="" program="" in="" england,="" a="" higher="" proportion="" of="" individuals="" who="" were="" unvaccinated="" or="" who="" had="" a="" single="" dose="" of="" the="" vaccine="" were="" younger="" (≤54="" years)="" than="" those="" with="" two="" doses="" (figure="" 2b;="" appendix="" p="" 5).="" however,="" in="" double-vaccinated="" participants,="" there="" was="" an="" apparent="" trend="" of="" increasing="" weighted="" prevalence="" in="" each="" age="" group="" for="" those="" who="" had="" received="" their="" second="" dose="" 3–6="" months="" before="" their="" swab="" compared="" to="" those="" who="" were="" vaccinated="" up="" to="" 3="" months="" before="" (figure="">

Estimările eficacității vaccinului au fost obținute cu setul de date conectat pentru rundele 13 și 14 combinate numai pentru persoanele cu vârsta cuprinsă între 18 și 64 de ani, deoarece puține persoane cu vârsta peste 65 de ani au fost nevaccinate (1,1 la sută) și, după cum sa menționat, puține persoane sub 18 ani. ani au fost vaccinați (6,3 la sută în rundele 13 și 14 combinate). Pentru toți indivizii cu vârsta cuprinsă între 18-64 de ani și toate vaccinurile combinate, eficacitatea vaccinului împotriva infecției a fost de 66,3 la sută (95 la sută IC 55,3-74,7), cu ajustare pentru rotundă și 62,8 la sută (49,3-74,7). 72·7) în modelul complet ajustat. Estimările punctului de eficacitate a vaccinului complet ajustate pentru vaccinurile BNT162b2 (Pfizer–BioNTech) și ARNm-1273 (Moderna) au fost comparabile (71,3% față de 75,1%, cu un interval de încredere mult mai larg pentru ARNm{{34} }} Vaccinul [Moderna] datorită unui număr mai mic de observații) și mai mare decât cel estimat pentru vaccinul ChAdOx1 nCov-19 (Oxford– AstraZeneca) (44,8 la sută). Cu toate acestea, diferențele în estimările eficacității vaccinului în funcție de tipul de vaccin nu au atins o semnificație statistică la un nivel de semnificație 0·05. Includerea unui termen de interacțiune pentru vaccin după rundă nu a sugerat modificarea efectelor în rundele 13 și 14 (datele nu sunt prezentate). Estimările eficacității vaccinului în modelele limitate la cazuri simptomatice au fost similare cu cele din modelele care au inclus și cazuri asimptomatice (tabelul 4).

Liniile de descendență din cele 475 (62,2 la sută) probe secvențiate dintre cele 764 de tampoane pozitive au fost toate variantele sau subliniile delta ale deltei. AY.4 a fost cea mai detectată sublinie, reprezentând 61,5% (95% CI 57·0–65,7) din probele secvențiate și au existat șapte eșantioane cu mutații de interes cu un singur vârf, așa cum sunt definite de Public. Health England (acum Agenția de Securitate a Sănătății din Regatul Unit): Glu484Lys, Asn501Tyr, Phe490Ser, Arg246Gly, Val483Phe, Pro251Leu și Gln613His (anexa p. 6). Am identificat 22 de probe (opt cu descendența B.1.617.2 și 14 cu descendența AY.4) inclusiv mutația Tyr145His în proteina spike, asociată cu sublinietatea AY.4.2 delta, corespunzând la 4,63 la sută (IC 95 la sută). 3·07–6·91) din toate liniile determinate.

imbunatateste imunitatea cistanche capsule

Discuţie

În această a paisprezecea rundă a studiului REACT-1, am constatat atât o prevalență ridicată, cât și în creștere a SARS-CoV-2 pozitivitatea tamponului în rândul copiilor de vârstă școlară din Anglia în septembrie 2021, reflectând amestecul social crescut al copiilor, deoarece au urmat școala pentru trimestrul de toamnă. În același timp, am constatat o scădere a prevalenței în rândul adulților tineri și de vârstă mijlocie (18-54 de ani). Această observație ar putea reflecta efectul infecției naturale anterioare, în special în rândul adulților mai tineri la care ratele de infecție au fost ridicate,17 și lansarea continuă a programului de vaccinare în Anglia. Din aprilie 2021, programul național de vaccinare COVID{10}} a fost extins pentru a include adulții cu vârsta sub 50 de ani18, o singură doză de vaccin pentru adolescenții mai în vârstă (cu vârste între 16 și 17 ani) din august 2021 și o singură doză pentru copiii cu vârsta 12-15 ani de la mijlocul lunii septembrie 2021.

De la mijlocul până la sfârșitul lunii decembrie 2021, tuturor copiilor cu vârsta de 12 ani și peste li se oferă o a doua doză de vaccin, iar o a treia doză (de rapel) este distribuită populației adulte cu vârsta de 18 ani și peste. Ca și în raportul nostru anterior19 (runda 13), am constatat că toate tampoanele secvențiate erau din varianta delta și subliniațiile sale, indicând înlocuirea aproape completă a variantelor alfa și a altor variante cu delta în Anglia la acea vreme. Am detectat o potențială mutație Glu484Lys de evadare, care se traduce printr-o estimare a 984 de astfel de infecții în Anglia, cu o limită de încredere mai mică de 95 la sută de 159. În general, au existat șapte probe cu mutații de interes cu un singur vârf, așa cum este definit de Public Health England. Alte 22 de probe au inclus mutația Tyr145His în proteina spike asociată cu sublinietatea AY.4.2.

Proporția corespunzătoare AY.4 de 4.63 la sută (95 la sută CI 3.07–6.91) în toate liniile este în concordanță cu cele 6 la sută din cazuri raportate de Public Health England în săptămâna care a început 27 septembrie 2021.20 Vaccinarea a avut loc. s-a dovedit foarte eficient împotriva complicațiilor severe ale COVID-19, inclusiv internările în spital și decesul, dar există mai puțină claritate în ceea ce privește protecția împotriva infecțiilor. Deși au fost raportate estimări ale eficacității vaccinului împotriva infecției de până la 90%, pe baza testelor de rutină ale indivizilor simptomatici21, aici raportăm o estimare a eficacității vaccinului împotriva infecției de 63% din rundele 13 și 14 REACT-1, când domina varianta deltă.

Această constatare este similară cu ceea ce a fost raportat în datele asociate numai pentru rundele 13,19, dar combinând datele din ambele runde 13 și 14, am putut estima, de asemenea, eficacitatea vaccinului pentru ChAdOx1 nCov-19 (Oxford – AstraZeneca) și vaccinurile BNT162b2 (Pfizer–BioNTech) separat. Deși intervalele de încredere se suprapun, rezultatele noastre sugerează o eficacitate mai mare împotriva infecției cu vaccinul BNT162b2 (Pfizer–BioNTech) decât cu vaccinul ChAdOx1 nCov-19 (Oxford–AstraZeneca). Diferențe mai mari între vaccinuri au fost raportate într-un studiu anterior22 și de Public Health England (acum UK Health Security Agency [UK HSA]) bazate pe testarea de rutină a cazurilor simptomatice.23 Cu toate acestea, trebuie remarcat faptul că eficacitatea vaccinului este specifică populației. și timp, astfel încât aceste estimări să reflecte performanța vaccinurilor în Anglia într-o anumită perioadă de timp (adică, iunie-septembrie 2021). De atunci, varianta omicron (B.1.1.529) a devenit dominantă în Anglia până în decembrie 2021, studiile efectuate de HSA din Regatul Unit indicând o eficiență mai scăzută a vaccinului împotriva infecției simptomatice pentru omicron în comparație cu delta.24

Studiul nostru arată că prevalența pozitivității tamponului în rândul persoanelor nevaccinate (inclusiv toți copiii cu vârsta cuprinsă între 5 și 11 ani) sau persoanelor care au primit o doză de vaccin (inclusiv copiii cu vârsta cuprinsă între 12 și 17 ani) a fost de trei până la patru ori mai mare decât la persoanele dublu vaccinate. , dar sugerează, de asemenea, că prevalența pozitivității tamponului care indică infecțiile incipiente după vaccinarea cu două doze ar putea crește după 3-6 luni. În plus, am constatat că persoanele care trăiesc în gospodării mai mari și persoanele care trăiesc în gospodării cu copii au avut rate mai mari de pozitivitate pe tampon decât cei din gospodăriile mai mici sau cei fără copii în gospodărie. Descoperirea celor mai înalte niveluri de prevalență ponderate în pozitivitatea tamponului în timpul rundei 14 la copiii cu vârsta cuprinsă între 5-11 ani și 12-17 ani ridică îngrijorări pentru copiii extrem de vulnerabili din punct de vedere clinic, precum și pentru contactele apropiate extrem de vulnerabile din punct de vedere clinic, inclusiv membrii gospodăriei și personalul școlii.

De la sfârșitul lunii decembrie 2021, copiilor vulnerabili clinic, cu vârsta cuprinsă între 5 și 11 ani, li se vor oferi două doze de vaccin. Există, de asemenea, îngrijorări cu privire la efectele asupra educației pentru numărul mare de copii cărora li se cere să nu scoată la școală atunci când sunt testați pozitiv, ca urmare a ratelor ridicate de infecție cu SARS-CoV-2. Constatarea că prevalența a fost de peste trei ori mai mare pentru persoanele din gospodăriile cu unul sau mai mulți copii decât la persoanele din gospodăriile fără copii sugerează că infecțiile la copii, fără a fi surprinzător, s-au răspândit în alte grupe de vârstă. Încărcături virale mai mari asociate cu varianta delta la indivizii mai tineri, în comparație cu variantele anterioare25–27, ar putea crește, de asemenea, eficiența transmiterii copiilor și, prin urmare, contribuie la creșterea infecțiilor în gospodărie. Începând cu 27 septembrie 2021, doar 1214 (6,3 la sută ) copii cu vârsta cuprinsă între 12 și 17 ani au fost vaccinați în studiul REACT-1, nepermițând astfel o extindere semnificativă a analizelor noastre de eficacitate a vaccinului la grupa de vârstă respectivă. runda 14.

Sunt justificate studii suplimentare privind eficacitatea vaccinului, având în vedere creșterea rapidă a infecțiilor cu omicron în Anglia începând cu decembrie 2021 și lansarea vaccinurilor cu doză dublă pentru școlari cu vârsta cuprinsă între 12 și 15 ani, doze de rapel la vârste cuprinse între 16 și 17 ani și la adulți. în vârstă de 18 ani și mai mult. În plus, studiile comunitare, cum ar fi REACT-1, permit estimarea eficacității vaccinului împotriva infecțiilor în rândul celor cu infecții asimptomatice și simptomatice. Deși în urma campaniei de vaccinare a existat o decuplare relativă între infecțiile cu SARS-CoV-2 și internările în spitale și decesele în Anglia2, rămân îngrijorări cu privire la potențialul ca rate ridicate de infecție și imunitate incompletă a populației să conducă la un risc crescut de apariție. complicații severe de la COVID-19. Anglia, la fel cu restul Regatului Unit și cu alte câteva țări (în special Israel28), s-a angajat într-o campanie pentru a lansa a treia doză (de rapel) — din octombrie 2021, în Anglia. Aceasta a implicat inițial prioritizarea adulților cu vârsta de 50 de ani și peste, a lucrătorilor din domeniul sănătății și asistenței sociale și a persoanelor mai tinere cu risc, dar implementarea a fost extinsă ulterior la toți adulții cu vârsta de 18 ani și peste, de la sfârșitul lunii decembrie 2021.29 Monitorizarea continuă a epidemia din Anglia și din alte părți va fi importantă pentru a evalua măsura în care dozele de rapel la adulți și vaccinarea la copii reduc transmiterea noilor variante de îngrijorare a SARS-CoV-2, cum ar fi varianta omicron.

Studiul nostru are limitări. De când studiul REACT-1 a început colectarea datelor în mai 2020, am observat o reducere treptată a ratelor de răspuns, de la 30,5% în runda 1 la 11,7% în runda 13. Cu toate acestea, în runda 14, răspunsul rata a crescut ușor la 12,2 la sută. Această creștere, deși mică, este încurajatoare. S-ar putea ca modificările ulterioare ale sondajului să crească și mai mult participarea. Modificarea utilizării tampoanelor umede în soluție salină și colectarea probelor fără lanțul rece (prin poștă sau curier) ar fi putut afecta sensibilitatea diagnosticului. Am fost liniștiți de diferențele limitate dintre probele colectate prin poștă și curier.

Cu toate acestea, deoarece sistemul exact utilizat în rundele anterioare (tampoane uscate și un lanț de frig susținut) nu a fost comparat în jur, nu am putut estima impactul noii abordări în comparație cu cel utilizat în rundele anterioare. O altă limitare este că nu avem date exacte despre starea vaccinării tuturor participanților. Deși consimțământul pentru conectarea datelor a fost la un nivel ridicat (87,5 la sută în runda 14), nu toți participanții au fost de acord să se conecteze la înregistrările lor NHS, care includ date din programul de imunizare COVID-19. Pentru cei ale căror date nu sunt legate, datele privind datele de vaccinare și tipul de vaccin fie lipsesc, fie sunt mai puțin fiabile decât în ​​datele legate; prin urmare, ne-am bazat estimările privind eficacitatea vaccinului pe subgrupul de participanți cu înregistrări legate. Această abordare ar fi putut introduce o părtinire în măsura în care cei care acceptă sau nu consimțământul pentru conectarea datelor ar putea diferi în moduri importante, cum ar fi modelele de amestecare socială, care ar putea afecta riscul de infecție.

În plus, pentru estimările noastre ale eficacității vaccinului în funcție de tipul de vaccin, chiar dacă am controlat pentru vârstă și rotunditate în eșantionul nostru, amplitudinea diferențelor dintre vaccinuri ar putea fi exagerată. Acest lucru se datorează faptului că au existat modele diferite specifice vârstei în administrarea vaccinului (cu vaccinul ChAdOx1 n Cov-19 [Oxford–AstraZeneca] fiind administrat în principal persoanelor cu vârsta mai mare sau egală cu 40 de ani), precum și diferențe în dinamica transmiterii pentru grupele de vârstă care au primit diferitele vaccinuri. REACT-1 nu a fost pe teren în august 2021, așa că a existat o întârziere de aproape 2 luni între sfârșitul rundei 13, pe 12 iulie, și începutul rundei 14, pe 9 septembrie 2021.

Deși este posibil ca estimările eficacității vaccinului să varieze în această perioadă, nu am găsit dovezi pentru o interacțiune între efectele rotunde și cele ale vaccinului. În concluzie, am găsit dovezi ale creșterii prevalenței pozitivității tamponului în rândul copiilor de vârstă școlară, precum și o prevalență mai mare a pozitivității tamponului la 3-6 luni după vaccinarea cu două doze împotriva COVID-19 la adulți. Eforturile continue de vaccinare a copiilor de vârstă școlară și de a oferi o doză de rapel tuturor adulților cu vârsta de 18 ani și peste ar trebui să contribuie la contracararea oricărei reduceri a imunității atât la nivel individual, cât și la nivel de populație. În sezonul de iarnă din Anglia, NHS este în mod obișnuit supus stresului de gripă și de alți virusuri, iar acest lucru a fost exacerbat în decembrie 2021, de creșterea rapidă a infecțiilor cu omicron. Prin urmare, este important ca programul de vaccinare să mențină o acoperire ridicată, inclusiv cu rapel și să ajungă la proporții ridicate de copii și adulți nevaccinati sau parțial vaccinați pentru a reduce transmiterea SARS-CoV-2 și perturbările asociate la muncă și educație.

Supliment de cistanche tubolosa: imbunatateste imunitatea

Referințe

1 Comitetul mixt pentru vaccinare și imunizare. Sfaturi privind grupurile prioritare pentru vaccinarea COVID-19, 30 decembrie 2020.

2 Riley S, Wang H, Eales O, et al. REACT-1 rapoartele din runda 12: reapariția infecțiilor SARS-CoV-2 în Anglia asociată cu frecvența crescută a variantei Delta. medRxiv 2021; publicat online pe 21 iunie.

3 NHS Anglia. Vaccinări COVID-19.

4 Departamentul pentru Educație al Regatului Unit. Îndrumări: acțiuni pentru școli în timpul focarului de coronavirus. 2 iulie 2020.

5 BBC News. Primii elevi scoțieni se întorc la școală pentru un nou trimestru dincolo de nivelul zero. BBC.

6 Riley S, Ainslie KEC, Eales O, et al. Resurgența SARS-CoV-2: detectarea prin supraveghere virală comunitară. Știință 2021; 372: 990–95.

7 Riley S, Atchison C, Ashby D, et al. Evaluarea în timp real a transmiterii comunitare (REACT) a virusului SARS-CoV-2: protocol de studiu. Wellcome Open Res 2020; 5: 200.

8 Protocolul de secvențiere Quick J. nCoV-2019 v3 (Locost). 2020; publicat online pe 25 august. https://www.protocols.io/view/ncov-2019- sequencing-protocol-v3-Locost-bh42j8ye (accesat pe 4 mai 2021).

9 Baker DJ, Aydin A, Le-Viet T, et al. CoronaHiT: secvențierea cu randament mare a genomilor SARS-CoV-2. Genome Med 2021; 13:21.

10 [Nu sunt enumerați autori]. O conductă Nextflow pentru rularea instrumentelor de bioinformatică de teren ale rețelei ARTIC. Github.

11 [Nu sunt enumerați autori]. Atribuirea filogenetică a liniilor de epidemii globale numite (PANGOLIN). Github.

12 Sharot T. Ponderarea rezultatelor sondajului. J Mark Res Soc 1986; 23: 269–84. 13 Hoffman MD, Gelman A. Eșantionarea fără întoarcere în U: stabilirea adaptivă a lungimii căilor în Hamiltonian Monte Carlo. J Mach Learn Res 2014; 15: 1533–623.

14 Bi Q, Wu Y, Mei S, et al. Epidemiologia și transmiterea COVID-19 în 391 de cazuri și 1286 dintre contactele lor apropiate în Shenzhen, China: un studiu de cohortă retrospectiv. Lancet Infect Dis 2020; 20: 911–19.

15 Wallinga J, Lipsitch M. Cum intervalele de generație modelează relația dintre ratele de creștere și numărul de reproducere. Proc Biol Sci 2006; 274: 599–604.

16 Lang S, Brezger A. Bayesian P-Splines. J Comput Graph Stat 2004; 13: 183–212.

17 Oficiul Naţional de Statistică. Cele mai recente informații despre coronavirus (COVID-19): infecții. 7 ianuarie 2022.

18 Departamentul pentru Sănătate și Asistență Socială din Regatul Unit. Comunicat de presă: Regatul Unit trece în următoarea fază de lansare a vaccinului, deoarece ținta guvernamentală a fost atinsă devreme. 13 aprilie 2021.

19 Elliott P, Haw D, Wang H, et al. Creștere exponențială, prevalență ridicată a SARS-CoV-2 și eficacitatea vaccinului asociată cu varianta Delta. Știință 2021; 374: eabl9551.

20 Agenția pentru Securitatea Sănătății din Marea Britanie. Variante de îngrijorare a SARS-CoV-2 și variante aflate în investigație în Anglia. Briefing tehnic 25. 15 oct 2021.

21 Lopez Bernal J, Andrews N, Gower C și colab. Eficacitatea vaccinurilor Covid-19 împotriva variantei B.1.617.2 (Delta). N Engl J Med 2021; 385: 585–94.

22 Pouwels KB, Pritchard E, Matthews PC și colab. Efectul variantei Delta asupra sarcinii virale și eficacității vaccinului împotriva noilor infecții SARS-CoV-2 în Regatul Unit. Nat Med 2021; publicat online

23 Public Health England. Rapoartele de supraveghere a vaccinului COVID-19 (săptămânile 19-38). 14 mai 2021.

24 Agenția pentru Securitatea Sănătății din Marea Britanie. Variante de îngrijorare a SARS-CoV-2 și variante aflate în investigație în Anglia. Briefing tehnic: actualizare privind spitalizarea și eficacitatea vaccinului pentru Omicron VOC-

25 Jones TC, Biele G, Mühlemann B, et al. Estimarea infecțiozității pe parcursul cursului infecției cu SARS-CoV-2. Știință 2021; 373: eabi5273.

26 Bellon M, Baggio S, Jacquerioz Bausch F, et al. Cinetica încărcăturii virale cu coronavirus 2 (SARS-CoV-2) a sindromului respirator acut sever la copiii, adolescenții și adulții simptomatici. Clin Infect Dis 2021; 73: e1384–86.

27 Li B, Deng A, Li K și colab. Infecție virală și transmitere într-un focar mare, bine urmărit, cauzat de varianta Delta SARS-CoV-2. MedRxiv 2021; publicat online pe 23 iulie.

28 Bar-On YM, Goldberg Y, Mandel M, et al. Protecția amplificatorului de vaccin BNT162b2 împotriva Covid-19 în Israel. N Engl J Med 2021; 385: 1393–400.

29 Agenția pentru Securitatea Sănătății din Marea Britanie. Vaccinarea COVID-19: un ghid pentru vaccinarea de rapel pentru persoanele cu vârsta de 40 de ani și peste.