Partea a doua: Variantele comune de risc în NPHS1 și TNFSF15 sunt asociate cu sindromul nefrotic sensibil la steroizi în copilărie

Contact: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 E-mail:audrey.hu@wecistanche.com

Dați clic aici pentru prima parte

Varianta explicată de toate variantele autozomale din studiul actual

Eritabilitatea observată a SSNS din copilărie explicată prin variante la nivelul întregului genom a fost estimată la 41,1 la sută (14,0 la sută). Moștenirea la scara răspunderii a fost de 14,8 la sută (5,0 la sută ), presupunând o prevalență a populației de 0,016 la sută . Având în vedere asocierea puternică a regiunii HLA, heritabilitatea observată a fost estimată a fi de 31,6 la sută (13,6 la sută) și a devenit 11,4 la sută (4,9 la sută) după transformare când variantele de pe cromozomul 6 au fost excluse. Variantele comune (MAF > 5 la sută) au explicat 88 la sută – 90 la sută din ereditabilitatea bolii (Tabelul suplimentar S21; Figura suplimentară S10).

Cistanche poate ajuta cu sindromul nefrotic

DISCUŢIE

Actualul GWAS japonez cu cea mai mare dimensiune a eșantionului până în prezent și replicare în mai multe populații continentale a identificat variante comune în regiunile NPHS1 și TNFSF15 ca noi factori de susceptibilitate pentru SSNS din copilărie. Analiza post-GWAS a locusului cromozomului 19 a identificat un mecanism transcripțional potențial prin care haplotipul de risc NPHS1 poate contribui la boală. În cele din urmă, dimensiunea mai mare a eșantionului a împuternicit o cartografiere fină suplimentară a locilor HLA implicați anterior.16 În total, aceste constatări extind și îmbunătățesc considerabil înțelegerea fondului genetic al SSNS din copilărie. Ei identifică nefrina, membrul superfamiliei 15 a factorului de necroză tumorală cu citokine proinflamatorii (TNFSF15) și moleculele asociate acestora ca noi ținte pentru investigarea biologică pentru a înțelege mai bine SSNS și, potențial, pentru dezvoltarea terapeutică. În cele din urmă, asocierea cu variante comune în locusul NPHS1 oferă un alt exemplu care arată că genele bolii renale mendeliane pot adăposti variante de susceptibilitate pentru o boală multifactorială mai comună (SSNS).

Mutațiile rare în NPHS1 cauzează congenitalsindrom nefroticde tip finlandez, un monogen rarsindrom nefrotic that is steroid-resistant and has a poor renal prognosis.26 Surprisingly, the present study revealed that variants in NPHS1 are associated with susceptibility to SSNs. Although NPHS1 has never been implicated in genome-wide scans for SSNS, a candidate association study between this gene's variants and SSNs in East Asian patients supports our current findings. In our present study, one of the sig- nificant SNPs in the NPHS1 locus was the synonymous variant rs2285450 (c.294 C>T) în exonul 3. Anterior, Sun și colab. a raportat o frecvență mai mare a alelei minore rs2285450 în chineză sporadicsindrom nefroticpacienții din Singapore decât cei de control (20 procente față de 13 la sută, P=0,025) și au arătat că alela de risc a dus la o capacitate scăzută de a inhiba curenții TRPC6 în celulele HEK{293-M1 prin intermediul patch-ului clema,care ar putea explica susceptibilitatea la proteinurie.27,28 Acest studiu oferă suport independent pentru rs2285450 ca factor de risc pentru SSNS și sugerează un mecanism alternativ de susceptibilitate lasindrom nefroticnecesitând o anchetă suplimentară.

Folosind date pereche genetice umane și transcriptomice glomerulare, nu am observat diferențe în expresia totală a NPHS1 în funcție de acest haplotip de risc. Cu toate acestea, datele ARN-seq au permis observarea unor ASE semnificative care au ca rezultat o expresie mai scăzută a NPHS1 din haplotipul care adăpostește alelele de risc (Figura suplimentară S11). Un număr de variante de risc la acest loc au fost sinonime cu modificări exonice în NPHS1. Prin urmare, ne-am concentrat mai mult pe NPHS1 și nu am continuat discuția despre rolul KIREL2 în mecanismele potențiale ale bolii. Lucrările viitoare ar trebui să includă: (i) validarea acestei observații la pacienți suplimentari cu date de genotipizare și expresie renală; și (ii) obținerea unei înțelegeri mecanice a modului în care acest ASE al NPHS1 contribuie la sau provoacă asocierea cu SSN-urile pe care le-am observat. Ipotezele potențiale pentru disfuncție includ: (i) sarcina crescută asupra celulei pentru a produce cantitatea necesară de nefrină din cromozomul de referință, ceea ce duce la stres celular și o susceptibilitate crescută la leziuni; și (ii) proteină nefrină potențial disfuncțională produsă din haplotipul de risc (de exemplu, prin modificări post-translaționale diferențiale) care rezultă într-o barieră anormală de filtrare glomerulară.

Polimorfismele genetice de la locusul 9q32 sunt legate de mai multe boli autoimune și inflamatorii.23,29–31 Gena cea mai probabilă cauzatoare de boli din 9q32 este TNFSF15, care codifică TNFSF15. În studiul de față, asocierea semnificativă a rs4979462 a fost replicată independent și consolidată în continuare printr-o meta-analiză transetnică. Anterior, Hitomi și colab.32 au identificat rs4979462 ca o variantă funcțională prin analiza funcțională in vitro folosind testul luciferazei și testul de schimbare a mobilității electroforetice. Testul Super-shift a clarificat faptul că alela de risc (T) a rs4979462 a generat un nou site de legare NF-1.32 În plus, mai multe rapoarte au arătat că alela de risc a rs4979432 afectează nivelul de expresie al ARNm TNFSF15.30, 32 Sunt necesare studii suplimentare pentru a confirma asocierea TNFSF15 cu SSNS la copii.

În studiul de față, variantele din loci NPHS1 și TNFSF15 au fost identificate și replicate în principal în populațiile din Asia de Est (japoneză și coreeană) și din Asia de Sud, la care a fost raportată o incidență mai mare a bolii. În schimb, frecvențele alelelor de risc ale SNP-urilor candidate în NPHS1 au fost rare la persoanele de origine europeană (Tabelul 1). Aceste constatări pot explica parțial diferența epidemiologică dintre populații din perspectiva polimorfismelor asociate bolii. Această diferență este ilustrată în continuare de absența semnalelor semnificative în setul nostru de date japoneze în regiunile CALHM6/FAM26F și PARM1, care au fost detectate într-o cohortă omogenă de ascendență europeană.15,17.

Cu contribuția predominantă a genelor HLA-DR/DQ, seturile de gene ale complexului proteic de clasa II major de histocompatibilitate și activitatea receptorului complexului major de histocompatibilitate clasa II au fost puternic asociate cu boala. Răspunsul imun înnăscut a fost, de asemenea, identificat ca un set de gene semnificativ cu un efect moderat. Sistemul imunitar înnăscut, inclusiv activarea celulelor profesionale (celule prezentatoare de antigen și celule B/receptori de tip Toll), precum și sistemul imunitar adaptativ, în care moleculele HLA joacă un rol crucial, este implicat în procesul și răspunsul bolii. la tratament.33,34

Aproximativ 90 la sută din ereditatea SSNS din copilărie a fost contribuită de variante comune, deși au fost luate în considerare și variante cu frecvențe alelelor relativ rare (MAF: 0,5 la sută -5 la sută). Cu toate acestea, o mare parte din ereditabilitatea bolii rămâne nedescoperită. Alte variante asociate bolii în regiunile non-HLA ar putea fi identificate prin studii viitoare la nivelul genomului, cu dimensiuni mai mari ale eșantionului, în special pentru pacienții de origine europeană și alte origini non-Asia de Est, deoarece polimorfismele asociate bolii în regiunile non-HLA sunt încă în mare parte. necunoscut.

În studiul de față, dimensiunile eșantionului din cohortele de replicare cu strămoși diferite au limitat puterea de replicare a semnalelor cu dimensiuni mai mici ale efectului. Stratificarea populației ar putea exista în faza de replicare din cauza lipsei de ajustare. Mai mult, efectele lotului ar fi putut apărea între cazuri și controale atunci când frecvențele alelelor din bazele de date publice au fost utilizate ca controale potrivite pentru populație.

În rezumat, descoperirile de aici oferă noi loci SSNS. Locusul NPHS1, în special, oferă un nou concept provocator pentru patogeneza bolii, legând și consolidând o paradigmă emergentă în nefrologie - în anumite gene care adăpostesc variante mendeliane, alele mai frecvente pot crește susceptibilitatea la boli multifactoriale, poligenice, așa cum sa demonstrat anterior pentru UMOD, COL4A3 și NPHS2.26,35-41 În cele din urmă, descoperirile actuale subliniază din nou importanța efectuării cercetării genomice în diverse populații. Procedând astfel, am descoperit SNP-uri specifice care ar putea avea un impact mai mare asupra populațiilor din Asia de Est și de Sud, identificând în același timp gene și loci care pot fi importante în toate populațiile, față de care am fi orbi din punct de vedere statistic dacă folosim o cohortă de descoperire europeană.

METODE

Consultați Metode suplimentare pentru detalii suplimentare.

Eșantioane: În stadiul de descoperire, 1018 pacienți japonezi diagnosticați cu SSNS în copilărie (vârsta de debut<18 years)="" were="" recruited.="" patients="" with="" a="" history="" of="" steroid="" resistance="" during="" follow-up="" were="" excluded.="" overall,="" 3331="" japanese="" healthy="" adults="" were="" recruited="" as="" controls.="" all="" participants="" provided="" written="" informed="">

Genotiparea și imputarea întregului genom în stadiul de descoperire

În etapa de descoperire, 1018 cazuri și 3331 de controale au fost genotipizate folosind matricea Affymetrix Japonica.42 Nouăsprezece probe au fost excluse printr-o rată scăzută de apelare (<97%) during="" the="" genotype="" calling="" pro-="" cess.="" nine="" controls="" with="" ambiguous="" sex="" were="" excluded.="" then,="" whole-genome="" imputation="" was="" performed="" with="" impute443="" (version="" 2.3.1)="" using="" a="" phased="" reference="" panel="" of="" 2036="" healthy="" japanese="" individuals.="" after="" whole-genome="" imputation,="" there="" were="" 22,049,786="" autosomal="" single-nucleotide="" variants="" and="" short="" insertions="" and="" deletions="" with="" info="">score >0.5. Controlul calității a fost efectuat folosind următorul prag: rata individuală lipsă<3%, single-nucleotide="" variant/insertions,="" and="" deletions="" call="" rate="" $97%,="" maf="" $0.5%,="" and="" hardy-="" weinberg="" equilibrium="" p="" $="" 0.0001="" in="" healthy="" controls.="" an="" identical-="" by-descent="" test="" was="" performed="" using="" a="" threshold="" of="" pi-hat="">{{0}}.1875. Analiza componentelor principale a fost efectuată utilizând analiza trăsăturilor complexe la nivel de genom (versiunea 1.26.0)44 pentru cazuri, controale și date HapMap de faza III (113 CEU [o populație din nord-vestul Europei], 113 YRI [yoruba în

Ibadan, Nigeria], 84 CHB [chinezii Han din Beijing, China] și 86 JPT [populația japoneză din Tokyo, Japonia]); au fost excluse eșantioanele identificate ca valori aberante (Figura suplimentară S1A-E).

Analize de asociere la nivelul genomului în stadiul de descoperire

Analizele de asociere la nivelul genomului și analizele condiționale bazate pe o singură nucleotidă au fost efectuate folosind regresia logistică, ajustând pentru sex și primele 4 componente principale (PC1 la PC4) prin PLINK 1.9. Pachetul r „qqman” a fost utilizat pentru a genera diagrame Manhattan și QQ. Graficele regionale au fost generate folosind Locuszoom (1000 Genomes Nov 2014 ASN a fost folosit ca referință de dezechilibru de legătură).45

Testul bazat pe gene și analiza setului de gene

Testele bazate pe gene și analizele setului de gene au fost efectuate de MAGMA v1.646 (implementat prin FUMA47). Baza de date Genotype-Tissue Expression (GTEx)48 și NephVS eQTL Browser (NephQTL)21 au fost utilizate pentru a găsi eQTL-uri care afectează expresia diferitelor gene în diferite țesuturi și țesuturi specifice rinichilor.

Replicarea SNP-urilor candidate

Replicarea a fost efectuată în mai multe populații. Participanții la setul de date coreean au fost recrutați din Coreea de Sud. Cohorta MWPNC a inclus 181 de pacienți de ascendență sud-asiatică recrutați din SUA și Sri Lanka, 158 de pacienți de ascendență africană recrutați din

Figura 4| Expresia ARNm NPHS1 glomerulară înSindrom nefroticCohorta Study Network (NEPTUNE). (a) Fragmente NPHS1 pe expresie de milioane de kilobaze comparând probe cu haplotipul de risc NPHS1 față de fără. Probele cu haplotipul de risc NPHS1 nu prezintă niveluri de expresie semnificativ diferite (testul Wilcoxon, P=0.39). (b) Expresie specifică alelelor (ASE) care compară probe cu haplotipul de risc NPHS1 față de fără. ASE ¼ |0.5 – (haplotip A / total citiri)|. La pacienții cu alelele de risc, haplotipul A găzduiește toate cele 5 variante de risc NPHS1; la pacienții fără haplotipul de risc, haplotipul A este selectat aleatoriu dintre 1 dintre cele 2 haplotipuri ale acestora. Probele cu mai puțin de 2 polimorfisme heterozigote mononucleotide sau cu 10 procente de jos din numărul total sunt indicate cu gri. Probele cu haplotipul de risc NPHS1 prezintă o expresie semnificativă specifică alelei cu o expresie mai mică a haplotipului de risc (testul Wilcoxon, P=9,3E-4). CPM contează per milion.

SUA și Nigeria și 63 de pacienți europeni și 27 de pacienți hispanici au fost recrutați din SUA. Cohorta NEPHROVIR a inclus 132 copii europeni, 56 africani și 85 magrebieni cu SSNS, recrutați în zona Parisului; 2000 de controale europene din 3 orașe și 454 de controale din cohorta africană 1000G și, respectiv, 261 de controale marocane au fost utilizate ca controale potrivite pentru populație. Cohorta italiană și spaniolă (ItSpa) a cuprins 112 pacienți europeni din Italia și Spania și 552 de controale din cohorta europeană 1000G. Informații detaliate despre seturile de date ale fiecărei populații sunt prezentate în Metodele suplimentare și în Tabelul 1.

În etapa de replicare, regresia logistică a fost efectuată în setul de date coreean folosind date individuale de genotip. Valorile P au fost calculate prin testul c2 al lui Pearson sau testul exact al lui Fisher în cohorta MWPNC și bazele de date publice. Pentru celula ¼ 0 din testul c2, 0.5 a fost adăugat la fiecare dintre cele 4 celule pentru a calcula OR, eroarea standard (SE) și intervalul de încredere de 95%. În seturile de date NEPHROVIR și ItSpa, au fost efectuate analize de asociere sub modelul aditiv.

Metaanaliză transetnică

Meta-analiză transetnică a fost efectuată folosind metoda variației inverse bazată pe modele cu efecte fixe sau aleatorii prin „META”.49 Eterogeneitatea a fost luată în considerare atunci când testul Cochran Q a avut o valoare P < 0.10.="" pita="">< 5e–08="" a="" fost="" considerat="" pragul="" de="" semnificație="" la="" nivel="" de="" genom="" pentru="">

Analiza ASE în cohorta NEPTUNE

ARN total din biopsiile glomerulare și secvențierea întregului genom de 30X a fost efectuată pe 269 și 625 de probe din NEPTUNE20 (a se vedea datele suplimentare20 pentru mai multe detalii). Variantele de pe cromozomul 19 au fost filtrate, eliminând MAF < 0,0001,="" inserții="" și="" deleții,="" scorul="" de="" calitate="" al="" genotipului="">< 20="" și="" lipsa=""> 10 la sută. Variantele au fost etalate cu Eagle v2.4.150 pe Michigan Imputation Server51 utilizând panoul de referință 1000 Genomes Faza 3.52 Au fost identificate probe care adăpostesc toate cele 5 alele de risc ale cromozomului 19 (rs56117924, rs2073901, rs412175, 59402222284944). Cuantificarea genelor (Log2CPM) a fost calculată cu metoda de normalizare a valorii M (TMM) delimitată prin margine.53 NPHS1 și regiunea intergenică înconjurătoare de 1KB (chr19: 36,315,274–36,343,895) au fost concentrate în mod specific din bac. Fișierele NPHS1 bam și secvențierea în fază a întregului genom au fost introduse în phASER54 pentru a efectua fazarea haplotipului. Din cauza unui hotspot de recombinare înalt în cadrul NPHS1, am găsit o etapă inconsecventă a rs2071347 (NPHS1, exonul 26) când am comparat diferite panouri de referință și, prin urmare, l-am eliminat din aval și l-am analizat. Am folosit phASER pentru a calcula expresia specifică haplotipului prin însumarea numărului de ARN-seq din toate SNP-urile heterozigote. Au fost eliminate eșantioane cu mai puțin de 20 de citiri totale în NPHS1. Pentru cele 187 de eșantioane rămase, am calculat ASE la fel de 0,5 – (haplotip A / citiri totale)j. La pacienții cu haplotipul de risc, haplotipul A găzduiește toate cele 5 variante de risc NPHS1; la pacienții fără haplotipul de risc, haplotipul A este selectat aleatoriu dintre unul dintre cele 2 haplotipuri ale acestora. Apoi am comparat ASE și expresia genei pentru mostre cu și fără aplotip de risc cu Wilcoxonrank-sumtestinR. Citirile totale și numărul de SNP heterozigoți de sprijin au variat în funcție de eșantioane. Eșantioanele cu putere mai mică de a detecta ASE, mai puțin de 2 SNP heterozigoți sau în 10% din totalul citirilor au fost totuși incluse pentru a fi complet și sunt indicate ca puncte gri în figurile 4a și b.

Mapare fină HLA

Metodele pentru imputarea HLA și genotiparea HLA sunt prezentate în Metodele suplimentare.

Calculul puterii

Puterea de descoperire GWAS (987 de cazuri și 3206 controale) a fost calculată folosind pachetul R „CATS”.55 Presupunând o prevalență a bolii de 0,016 la sută, puterea studiului a fost calculată separat în conformitate cu model aditiv pentru variante cu o frecvență alelelor de 0,5%, 5% și 50%, cu un prag de semnificație a ¼ 5E-08 (Figura suplimentară S2). Estimatorul online al mărimii eșantionului56 al Institutului de Bioinformatică a fost utilizat pentru a estima puterea de replicare pentru fiecare

candidatul SNP.

Estimări de heritabilitate

Moștenirile bolii explicate de variantele la nivelul genomului au fost estimate utilizând analiza trăsăturilor complexe la nivel de genom43,57 (analiza trăsăturilor complexe la nivel de genom – metoda LDMS), presupunând o prevalență a bolii de 0.016 la sută în populaţia japoneză. Toate variantele care au trecut procedura de control al calității după imputarea întregului genom au fost incluse în analiză. Variantele au fost grupate ca variante comune (MAF > 5 la sută) sau variante neobișnuite (0,5 la sută < maf="" #="" 5="" la="" sută)="" atunci="" când="" se="" realizează="" matrice="" de="" relații="" genetice="" în="" timpul="" calculului.="" detaliile="" sunt="" prezentate="" în="" metodele="">

APENDICE

Consorțiul de cercetare pentru genetica idiopatică a copilărieiSindrom nefroticin Japonia

Yoshinori Araki, Yoshinobu Nagaoka, Takayuki Okamoto, Yasuyuki Sato, Asako Hayashi, Toshiyuki Takahashi, Hayato Aoyagi, Michihiko Ueno, Masanori Nakanishi, Nariaki Toita, Kimiaki Uetake, Norio Kobayashi, Shoji Kusuruga, Kazushiori T Kusuruga, Eriko Tanaka, Tae Omori, Mari Okada, Yoshiho Hatai, Tomohiro Udagawa, Yaeko Motoyoshi, Kenji Ishikura, Koichi Kamei, Masao Ogura, Mai Sato, Yuji Kano, Motoshi Hattori, Kenichiro Miura, Yutaka Harita, Shoichiro Kanda, Emi Sawanobori, Anna Kobayashi, , Manabu Kojika, Yoko Ohwada, Kunimasa Yan, Hiroshi Hataya, Riku Hamada, Chikako Terano, Ryoko Harada, Yuko Hamasaki, Junya Hashimoto, Shuichi Ito, Hiroyuki Machida, Aya Inaba, Takeshi Matsuyama, Miwa Goto, Masaki Shimizu, Kazuhi Ikezumi, Takeshi Yamada, Toshiaki Suzuki, Soichi Tamamura, Yukiko Mori, Yoshihiko Hidaka, Daisuke Matsuoka, Tatsuya Kinoshita, Shunsuke Noda, Masashi Kitahara, Naoya Fujita, Satoshi Hibino, Kazumoto Iijima, Hi Kanroshi Minamikawa, Tomohiko Yamamura, China Nagano, Tomoko Horinouchi, Keita Nakanishi, Junya Fujimura, Nana Sakakibara, Yuya Aoto, Shinya Ishiko, Ryojiro Tanaka, Kyoko Kanda, Yosuke Inaguma, Yuya Hashimura, Shingo Ishimori, Naohiro Kamiyoshi, Yasukayi Takeshima, Rika Fuji-maru, Hiroaki Ueda, Akira Ashida, Hideki Matsumura, Takuo Kubota, Taichi Kitaoka, Yusuke Okuda, Toshihiro Sawai, Tomoyuki Sakai, Yuko Shima, Taketsugu Hama, Mikiya Fujieda, Masayuki Ishihara, Shigerki Iwaki, Shigerki Iwaki Shimizu, Koji Nagatani, Shoji Kagami, Maki Urushihara, Yoshitsugu Kaku, Manao Nishimura, Miwa Yoshino, Ken Hatae, Maiko Hinokiyama, Rie Kuroki, Yasufumi Ohtsuka, Masafumi Oka, Shinji Nishimura, Tadashi Sato, Seiji Tanaka, Seiji Tanaka, Nakazato, Hiroshi Tamura și Koichi Nakanishi

Consorțiul coreean de boli renale ereditare la copii

Min Hyun Cho, Tae-Sun Ha, Hae Il Cheong, Hee Gyung Kang, Il-Soo Ha, Ji Hyun Kim, Peong Gang Park, Myung Hyun Cho, Kyoung Hee Han și Eun Mi Yang

Consorțiul de nefrologie pediatrică Midwest (Genetica nefrotică

Grupul de studiu al sindromului)

Alejandro Quiroga, Asha Moudgil, Blanche Chavers, Charles Kwon, Corinna Bowers, Deb Gipson, Deepa Chand, Donald Jack Weaver, Elizabeth Abraham, Halima Janjua, Jen-Jar Lin, Larry Greenbaum, Mahmoud Kallash, Michelle Rheault, Nilka De Jesus Gonzalez, Patrick Brophy, Rasheed Gbadegesin, Shashi Nagaraj, Susan Massengill, Tarak Srivastava, Tray Hunley, Yi Cai, Abiodun Omoloja, Cynthia Silva, Adebowale Adeyemo, Shenal Thalgahagoda, Jameela A. Kari și Sherif El Desk

NEFROVIR

Mohammed Abdelhadi, Rachida Akil, Sonia Azib, Romain Basmaci, Gregoire Benoist, Philippe Bensaid, Philippe Blanc, Olivia Boyer, Julie Bucher, Anne Chace, Arnaud Chalvon, Marion Cheminee, Sandrine Chendjou, Patrick Daoud, Georges Deschênes, Claire Dossier, Ossam Elias , Chantal Gagliadone, Vincent Gajdos, Aurélien Galerne, Evelyne Jacqz Aigrain, Lydie Joly Sanchez, Mohamed Khaled, Fatima Khelfaoui, Yacine Laoudi, Anis Larakeb, Tarek Limani, Fouad Mahdi, Alexis Mandelcwaijg, Stephanie Muller, Kacem Nathan Nacer, Bérace Pellegrino, Sylvie , Isabelle Pharaon, Véronica Roudault, Sébastien Rouget, Marc Saf, Tabassom Simon, Cedric Tahiri, Tim Ulinski și Férielle Zenkhri

DEZVĂLUIRE

MGS a primit taxe de consultanță de la Maze Therapeutics. AS a primit sprijin de călătorie de la Biofem Pharmaceuticals. GD a primit taxe de consultanță de la Chiesi și Biocodex, o taxă de curs de la Alnhylam și asistență de călătorie de la Sanofi. MV a primit taxe de consultanță de la Achillion Pharmaceuticals și Gentium-Jass, o taxă de curs de la Sanofi și o grant de la Alexion Pharmaceuticals. Kii a primit taxe de consultanță de la Zenyaku Kogyo. Toți ceilalți autori au declarat că nu există interese concurente.

MULȚUMIRI

Mulțumim tuturor pacienților care au participat la acest studiu și familiilor lor, precum și doamnei Yoshimi Nozu și doamnei Ming Juan Ye pentru asistența tehnică. Mulțumim lui Minoru Nakamura, Hitoshi Okazaki și Mika Matsuhashi pentru sprijinul acordat în studiile funcționale. Mulțumim lui J. Ludovic Croxford, Ph.D., de la Edanz Group (www.edanzediting.com/ac) pentru editarea unei schițe a acestui manuscris.

Datele rezumate ale variantelor din descoperirea GWAS sunt disponibile prin baza de date a Centrului Național de Date Bioștiințe din Japonia (ID de cercetare: hum0126.v2.imp-GWAS.v1, https://humandbs.biosciencedbc.jp/en/hum0126- v2).

Această lucrare a fost susținută de: Agenția Japoneză pentru Cercetare și Dezvoltare Medicală (AMED) cu numărul de grant JP17km0405108h0005 către Kii, KIs, KN ​​și KT și JP17km0405205h0002 și 18km0405205h0003 către KT și MN; și de către Societatea Japoneză pentru Promovarea Științei (JSPS) în cadrul Grant-in-Aid for Scientific Research care promovează Joint International Research (B) 18KK0244 către Kii, YH, TH, CN și KN. O parte a acestui studiu a fost finanțată de grantul ERC-2012-ADG{_20120314 (acordul de grant 322947) de către Consiliul European de Cercetare și grantul Agence Nationale pours la Recherche „Genetransnephrose” ANR-16-CE{{17} } la PR. RG este susținut de National Institutes of Health/National Institutes of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases (NIH/NIDDK) subvenționează 5R01DK098135 și 5R01DK094987, Premiul pentru Dezvoltare Clinică a Fundației Caritabile Doris Duke pentru Dezvoltare Clinică 2009033 și un bursier Duke Health. MGS este susținut de un grant al National Institutes of Health (R01-DK108805). TheSindrom nefroticStudy Network Consortium (NEPTUNE; U54-DK{-083912) face parte din Centrul Național pentru Avansarea Științelor Translaționale (NCATS). Rețeaua de Cercetare Clinică a Bolilor Rare (RDCRN) a fost susținută printr-o colaborare între Oficiul de Cercetare a Bolilor Rare (ORDR), NCATS și Institutul Național de Diabet, Boli Digestive și de Rinichi. RDCRN este o inițiativă a ORDINULUI NCATS. Finanțare suplimentară și/sau sprijin programatic pentru acest proiect au fost oferite de Universitatea din Michigan, NephCure Kidney International și Fundația Halpin. Cohorta NEPHROVIR a fost susținută de 2 granturi pentru Georges Deschênes din program

Hospitalier de Recherche Clinique: acordă PHRC 2007-AOM07018 și PHRC 2011-AOM11002. Rețeaua NEPHROVIR este coordonată de Unitatea de Nefrologie Pediatrică a Spitalului Robert Debré, „Unité de Recherche Clinique de l'Est Parisien” și „Délégation de la Recherche Clinique de la Région Ile-de-France”. Marina Vivarelli a fost susținută de Associazione per la Cura del bambino Nefropatico ONLUS (Organizzazione Non Lucrativa di Utilità Sociale).

MATERIAL SUPLIMENTAR

Fișier suplimentar (PDF)

Note suplimentare. Consorțiul de cercetare pentru genetica idiopatică a copilărieiSindrom nefroticîn Japonia, Consorțiul coreean de boli renale ereditare la copii, Midwest Pediatric Nephrology Consortium (GeneticaSindrom nefroticgrup de studiu) și NEPHROVIR.

Analize condiționale suplimentare în pas în regiunea HLA și cartografierea fină a HLA.

Metode suplimentare.

Tabelul S1. Definițiile NS.

Tabelul S2. Informații clinice ale pacienților din descoperirea GWAS și studiul internațional de replicare.

Tabelul S6. Seturi de gene semnificative cu valori P < 0.05="" după="" corecția="" bonferroni="" în="" analiza="" setului="" de="" gene="" de="" către="">

Tabelul S9. Analize condiționale în pas în regiunea HLA.

Tabelul S10. Haplotipurile HLA sunt asociate în mod semnificativ cu SSN-urile din copilărie japoneze în stadiul de descoperire folosind date de imputare HLA. Tabelul S11. Alelele HLA sunt asociate în mod semnificativ cu SSN-urile din copilărie japoneze în stadiul de descoperire folosind datele de imputare a HLA. Tabelul S16. Analiza de asociere a haplotipurilor HLA-DRB1-DQB1 cu SSN din copilărie în stadiul de descoperire folosind date de imputare HLA. Tabelul S19. Analiza de asociere a haplotipurilor HLA-ACB-DRB1-DQB{1-DPA{1-DPB1 cu SSN din copilărie în stadiul de descoperire folosind date de imputare HLA.

Tabelul S20. Homozigoții HLA-DRB1*08:02–DQB1*03:02 și HLA-DRB1*13:02–DQB1*06:04 și heterozigoți HLA-DRB1*08:02– DQB1*03:02 și HLA-DRB1 *13:02–DQB1*06:04 în stadiul de descoperire prin imputare HLA.

Tabelul S21. Estimarea eredității folosind variante autozomale în setul de eșantion japonez de descoperire.

Figura S1. Analiza componentelor principale în descoperirea GWAS folosind eșantioane HapMap Faza III ca referință (113 rezidenți din Utah cu ascendență din nordul și vestul Europei [CEU], 113 yoruba în Ibadan [YRI], 84 chinezi Han în Beijing [CHB] și {{ 4}} Japoneză în Tokyo [JPT]).

Figura S2. Puterea descoperirii GWAS.

Figura S3. Graficul cuantile-quantile (Q-Q) al valorilor P pentru SNP-uri calculate folosind regresia logistică cu o ajustare pentru sex și PC1-4 (987 de cazuri cu SSN din copilărie și 3206 martori sănătoși). Figura S4. Analiză condiționată în locusul candidat de pe cromozomul 19.

Figura S5. Analiză condiționată în locusul candidat de pe cromozomul 9.

Figura S6. Analiză condiționată în locusul candidat de pe cromozomul 18.

Figura S7. Locația și adnotarea a 5 SNP-uri selectate pentru replicare în regiunea NPHS1-KIRREL2 (A).

Figura S8. Graficul Manhattan al testului bazat pe gene de la MAGMA. Figura S9. Analize condiționale în pas în regiunea HLA. Figura S10. Estimarea eredității bazate pe SNP la populația japoneză.

Figura S11. Diagrama schematică a expresiei specifice alelei a NPHS1. Atât eșantioanele cu risc, cât și cele fără risc prezintă aceleași citiri totale.

Fișier suplimentar (Excel)

Tabelul S3. Variante cu valori P < 1e–05="" în="" gwas="" de="" descoperire.="" tabelul="" s4.="" puterea="" cohortelor="" de="" replicare="" pentru="" replicarea="" snp-urilor="">

Tabelul S5. Gene semnificative la nivel de genom asociate cu SSN din copilărie în stadiul de descoperire de către MAGMA.

Tabelul S7. Gene incluse în cele 4 seturi de gene semnificative în analiza setului de gene de către MAGMA.

Tabelul S8. Variante cu valori P < 0.05="" în="" regiunea="" candidată="" de="" pe="" cromozomul="" 19="" (36,2–36,6="" mb)="" în="" baza="" de="" date="" gtex="" și="" browser-ul="" nephqtl="">

Tabelul S12. Analize de asociere cu alele HLA ale genelor HLA clasa I cu SSN din copilărie în stadiul de descoperire folosind date de imputare HLA. Tabelul S13. Analize de asociere cu alele HLA ale genelor HLA clasa II cu SSN din copilărie în stadiul de descoperire folosind date de imputare HLA. Tabelul S14. Analiza de asociere a haplotipurilor HLA-AB cu SSN din copilărie în stadiul de descoperire folosind date de imputare HLA. Tabelul S15. Analiza de asociere a haplotipurilor HLA-ACB cu SSN din copilărie în stadiul de descoperire folosind date de imputare HLA. Tabelul S17. Analiza de asociere a haplotipurilor HLA-DRB1-DQB{1-DPB1 cu SSN din copilărie în stadiul de descoperire folosind date de imputare HLA.

Tabelul S18. Analiza de asociere a haplotipurilor HLA-DRB1-DQB1-DPA1-DPB1 cu SSN din copilărie în stadiul de descoperire utilizând datele de imputare HLA.

REFERINȚE

1. Nimeni DG, Iijima K, Parekh R. Idiopatsindrom nefroticla copii. Lancet. 2018;39:61–74.

2 Chanchlani R, Parekh RS.Diferențe etnice în copilăriesindrom nefroticFrant Pedat.2016y:39.

3 Kikunaga K bhikuaK Terano C et al Incidența ridicată a sindromului nefrotic idiopatic la copiii din Asia de Est: un sondaj la nivel național în Japonia (studiu JP-SHINE). Clin Exp Nephral.2017;21651-657.

4 Alb RH. Familiasindrom nefroticSondaj european LA. ClnNephral. 19731215-219.