Perturbații virale urinare în transplantul de rinichi

Contact: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 E-mail:audrey.hu@wecistanche.com

Tara K. Sigdel et al

Microbiomul uman este important pentru sănătate și joacă un rol în funcțiile metabolice esențiale și în protecția împotriva anumitor agenți patogeni. În schimb, disbioza microbiomului este văzută în contextul diferitelor boli. Studii recente au evidențiat că o comunitate microbiană complexă care conține sute de bacterii colonizează tractul urinar sănătos, dar se cunosc puține despre virusurile urinare umane în sănătate și boli. Pentru a evalua viromul urinar uman în contextulrinichitransplant (tx), variațiile în compoziția viromului urinar au fost evaluate în probe de urină de la voluntari normali sănătoși, precum și la pacienți curinichiboaladupa ce au suferit tx rinichi. Analiza cromatografie lichidă-spectrometrie de masă/spectrometrie de masă a fost efectuată pe o cohortă selectată de 142rinichipacienți tx și controale normale sănătoase, dintr-o biobancă mai mare de 770rinichiprobe de urină potrivite pentru biopsie. În plus față de analiza urinei normale de control sănătos, cohorta derinichiPacienții tx au avut clasificarea fenotipului confirmat prin biopsie, care coincide cu proba de urină analizată, a grefelor stabile (STA), respingere acută, nefrită cu virus BK și nefropatie cronică de alogrefă. Am identificat 37 de viruși unici, dintre care 29 sunt identificați pentru prima dată în probe de urină umană. Compoziția viromului urinar uman diferă în ceea ce privește sănătatea și afectarea rinichilor, iar distribuția proteinelor virale în tractul urinar poate fi influențată în continuare de expunerea la IS, dietă și expunerea mediului, dietetică sau cutanată la diferite insecticide și pesticide.

Cuvinte cheie: rinichitransplant, virom, urină, proteomică, biomarkeri

Cistanche tubulosa previne bolile de rinichi, faceți clic aici pentru a obține mostra

INTRODUCERE

Microbiomul uman a fost studiat pe larg în diverse biofluide, cum ar fi sânge (1), urină (2-4), saliva (5, 6), lichidul cefalorahidian (7) și lavajul bronhoalveolar (8, 9), pentru influența sa. asupra sănătății și bolilor umane (10). Au fost raportate mai multe rapoarte privind evaluarea microbiomilor în diferite regiuni ale corpului uman, inclusiv plămâni și intestine (11-15). Cu toate acestea, se cunosc doar puține lucruri despre microbiomul urinar și modificările acestuia în contextul leziunii renale după transplantul de rinichi (tx) (16, 17). Cele mai multe studii de microbiomă umană au cartografiat ARNr-ul 16S pentru profilarea bacteriilor (18) și există doar un mic corp de date care examinează viromul urinar (19, 20), iar un singur studiu publicat a folosit secvențierea de generație următoare pentru a mapa componentele genomice virale. în urina pacienţilor cu transplant de rinichi (19).

Disbioza microbiomului este asociată cu mai multe boli, cum ar fi boala inflamatorie intestinală, cancerul de colon, obezitatea și bolile pulmonare (21–25), dar se cunosc puține despre modificările viromului în fluidele corpului uman, cum ar fi saliva, lavajul bronhoalveolar, si urina. Este recunoscut faptul că diverse componente ale microbiomului îndeplinesc funcții esențiale, inclusiv biosinteza cofactorilor și vitaminelor, metabolismul compușilor esențiali și protecția barierei împotriva agenților patogeni (26-28). Funcții disbiotice și de protecție similare pot fi, de asemenea, atribuite viromului urinar; prin urmare, este important să se stabilească compoziția viromului uman în sănătate și boală. În scopul acestui studiu, am ales să efectuăm aceste studii în urină în sănătate și în contextul expunerii la IS după tx renal, în timpul funcției renale stabile și în contextul leziunii tx renale. Scopul studiului a fost evaluarea repertoriului de virusuri determinat de peptidele prezente în urina umană și perturbațiile acestora după expunerea la IS și diversele cauze ale leziunilor renale acute, cronice și infecțioase.

Microbiomul se modifică în timp și se corelează cu diversitatea organismului. Analiza microbiomului poate fi segregată atât în ​​analiză structurală bazată pe unități taxonomice operaționale bazate pe filogenia secvenței, cât și în analiză funcțională bazată pe secvențierea metagenomică și proteomică (29, 30). Microbiota identificată în diferite boli poate fi studiată în continuare prin cultivare, metagenomică funcțională și imunofluorescență multiplexată și hibridizare in situ. Proiectul NIH privind microbiomul uman a publicat microbiomul uman în 15 locuri ale corpului de la 300 de persoane (31).

TRATAMENTUL BOLILOR DE RINCHI: CISTANCĂ

MATERIALE ȘI METODE

Un total de 142 de probe unice au fost evaluate dintr-un biodepozitiv care conține 2016 colectate de consimțământul informat aprobat de IRB de la probe pentru adulți și copii din programele de transmitere a rinichilor de la Universitatea Stanford și Universitatea din California San Francisco, între probe de urină dintre care 770 au fost însoțite de rinichi potriviți. caseta tx cu citiri histologice de patologie centralizate și scoruri de compartiment folosind schema Banff standardizată (32) pentru notarea tx rinichiului în funcție de leziune (Figura 1). Studiul a fost aprobat de Human Research Protection Program al Universității din California, San Francisco. Probele de urină au fost fenotipizate pe baza patologiei bx a rinichilor potrivite în cinci grupuri: control sănătos (HC; n=9), Grefă stabilă (STA; n=40), respingere acută (AR; n {{{) 7}}), nefropatia cronică de alogrefă (CAN; n=39) ​​și nefrita cu virus BK (BKVN; n=17). Urina a fost centrifugată 2,000 ×g la 4 grade timp de 20 de minute pentru a scăpa de sedimentele de urină. Supernatantul a fost trecut printr-o membrană de filtru de 10 kDa pentru a îndepărta peptidele native din proteinele intacte cu o dimensiune mai mare de 10 kDa. Proteina totală a fost apoi digerată cu tripsina și peptidele triptice rezultate au fost analizate prin platforma LC-MS (Orbitrap Velos MS). Metodele detaliate de preparare și analize a proteinelor sunt raportate în altă parte (33).

Algoritmul personalizat MSGF plus generat de grupul nostru (https://omics.pnl.gov/software/ms-gf), a fost folosit pentru a căuta spectre MS/MS în baza de date combinată cu secvențe de proteine ​​umane și baza de date virală NCBI. Peptidele au fost identificate inițial din căutarea în baza de date, aplicând următoarele criterii: Valoarea E a spectrului MSGF (o valoare de probabilitate a peptidei cu spectrul MS/MS cu valoarea mai mică, probabilitatea mai mare de a fi o potrivire corectă) să fie<10-10, peptide="" level="" q-value="" (false="" discovery="" rate="" estimated="" by="" targeted-decoy="" database="" search)="" to="" be=""><0.01, and="" mass="" measurement="" error=""><10 ppm="" (±5="" ppm).="" the="" decoy="" database="" searching="" methodology="" was="" used="" to="" confirm="" the="" final="" false="" discovery="" rate="" at="" the="" unique="" peptide="" level="" to="" be=""><1%. due="" to="" the="" anticipated="" higher="" false="" discovery="" rate="" for="" peptides="" from="" viral="" proteins,="" more="" stringent="" filtering="" criteria="" with="" msgf="" spectrum="" e="" value="" to="" be=""><1e-13 was="" applied.="" the="" false="" discovery="" rate="" was="" estimated="" to="" be="" nearly="" 0%="" based="" on="" the="" well-accepted="" target="" decoy="" searching="" strategy="" because="" no="" decoy="" hits="" were="" observed="" following="" this="" stringent="" cutoff.="" data="" are="" shown="" as="" percentages="" and="" mean="" ±="" sd.="" comparisons="" of="" different="" categories="" are="" done="" using="" anova="" and="" p="" values="" of=""><0.05 are="" considered="">

REZULTATE

Grupul nostru a publicat anterior o analiză detaliată a proteinelor umane relevante din punct de vedere biologic din aceste probe de urină colectate de la primitorii de transplant de rinichi cu diferite fenotipuri de leziune a grefei, așa cum a fost confirmat de histopatologia transplantului de rinichi potrivit pe biopsie, colectată în același timp cu proba de urină; aceste date au fost depuse în depozitul proteomic MassIVE (aderare MSV000079262) și în depozitul ProteomeXchange (aderare PXD002761) (33). În acest studiu, ne-am concentrat doar pe identificarea și analiza proteinelor virale în aceeași cohortă de pacienți cu transplant de rinichi, cu includerea, de asemenea, a probelor de urină umană de control sănătos, potrivite în funcție de vârstă și sex, pentru a evalua proteinele virale atât în ​​​​sănătate, cât și în afectarea rinichilor. . Este important de menționat că din totalul de proteine ​​umane și virale analizate în urină, numai proteinele virale constituie<0.2% of="" the="" total="" identified="" proteins,="" highlighting="" the="" very="" low="" abundance="" of="" rather="" rare="" viral="" proteins="" in="" human="" urine,="" irrespective="" of="" the="" type="" of="" kidney="" injury,="" and="" irrespective="" of="" baseline="" immunosuppression="">

Rezultatele prezentate în această lucrare provin din cartografierea peptidelor virale, spre deosebire de secvențierea genomică a componentelor virale, așa cum este raportată de publicațiile anterioare (19). Ca o analiză inițială, ne concentrăm pe prevalența proteinelor virale urinare specifice fiecărui fenotip de transplant de rinichi de STA, AR, CAN și BKVN și variațiile observate asupra viromului urinar de control sănătos. Datele despre proteinele virale urinare pentru fiecare probă au fost evaluate pentru abundența probei în raport cu nivelul mediu al virusului respectiv în întreaga populație eșantionată. Am descoperit că, în medie, 22 la sută (interval 4-67 la sută) dintre pacienții cu transplant de rinichi au avut diferite proteine ​​virale detectate în urină, excluzând pacienții cu BKVN, unde este de așteptat detectarea virusului BK în urină, deoarece acești pacienți au o infecție cu virusul BK în tractul urinar și în transplantul de rinichi. Distribuția diferitelor proteine ​​virale în diferite stări de leziuni ale tx și sănătatea normală este prezentată în harta căldurii prevalenței (Figura 2). În total, au fost identificate un total de 57 de proteine ​​virale din 37 de virusuri unice, multe dintre acestea fiind neașteptate și nedescrise anterior ca „comensale” în urina umană. Dintre acești virusuri unice, 8 virusuri au fost viruși ARN monocatenar, 1 virus a fost un virus ARN-RT monocatenar și 28 de viruși au fost viruși ADN dublu catenar (Tabelul 1). Din cei 142 de pacienți, toți pacienții aveau cel puțin o proteină virală în urină, cu o medie de 10,23 ± 4,57 proteine ​​virale/probă.

Prevalența proteinelor virale urine umane

Grupul de control sănătos examinat a avut 20 de proteine ​​virale unice cu o medie de grup de 13,67 ± 1,32 proteine ​​virale. Pacienții cu Tx de rinichi cu IS de întreținere și funcție stabilă de Tx a rinichilor au avut un număr semnificativ mai mic statistic de viruși unici în grup (8,08 ± 2,78; p=7e{-10) în comparație cu cohorta sănătoasă (rinichi normal). funcția și un sistem imunitar normal), fără nicio expunere la IS. Nouă proteine ​​virale noi sunt detectate în schimb în cohorta STA comparativ cu martorii sănătoși, aparținând următoarelor virusuri: virusul Junin, Cotesia congregata bracovirus, Agrotis segetum nucleopolyhedrovirus, Psittacid herpesvirus 1, Pseudocowpow virus, Spodoptera frugiperda multiple nucleovirus virus, Japanesely yhedro mosaic virus, Virusul pestrițului cowpea și Helicoverpa zea un singur nucleopoliedrovirus. Leziunea renală după tx (în ciuda expunerii continue la IS), are ca rezultat o creștere generală a numărului de proteine ​​virale unice peste cohorta STA tx, cu o creștere semnificativă a proteinelor virale urinare în grupul de pacienți cu CAN (11,46 ± 3,52; p {{ 16}}e-10) și grupul de pacienți BKVN (15,76 ± 5,65; p=13.7e{-10). Repertoriul proteinelor virale urinare pare a fi destul de distinct în diferite categorii de leziuni tx (Figura 3). Prevalența proteinelor virale BKV în urină crește la 60-70% în AR, 70-80% la pacienții cu CAN și 100% la pacienții cu BKVN (Figura 2), evidențiind că creșterea abundenței virusului BK în urină poate rezulta de la creșterea IS, așa cum se vede în categoria AR, și cu un timp mai mare post-tx, așa cum se vede în categoria CAN. Probele de urină BKVN arată divergența maximă a proteinelor virale urinare, așa cum era de așteptat. Patru proteine ​​virale care sunt prezente în mod constant în toate celelalte probe, inclusiv martorii normale sănătoase (virusul Canarypox, virusul Tacaribe, virusul Simian 12, virusul filamentos Acidianus 8), nu mai sunt observate în cohorta BKVN. Deoarece BKV este un virus ADN, am examinat dacă modificările viromului urinar sunt în mare măsură legate de apariția de noi virusuri ADN în BKVN. Cinci proteine ​​virale noi sunt notate doar în cohorta BKVN (Ectropis obliqua nucleopolihedrovirus, Fowl adenovirus D, virusul sindromului Taura, virusul irizant al nevertebratelor 6, herpesvirusul Gallid 2). 4/5 dintre virusurile cohortei BKVN au fost viruși ADN dublu catenar (Tabelul 1).

Abundența proteinelor virale urine umane

Apoi am evaluat abundența diferitelor proteine ​​virale la toți pacienții cu tx și probele de urină HC. Dintre cele 37 de virusuri unice examinate, următoarele virusuri au fost cele mai abundente la pacienții cu STA (Acidianus filamentous virus 8, Agrotis segetum nucleopolyhedrovirus, BK polyomavirus, Canarypox virus, Cotesia congregata bracovirus, Cowpea mottle virus, Glossina pallidipes salivary gland, hypertrophygland virus, Virusul simian 12, virusul Tacaribe) și abundența crescută a virusului Marsella este observată atât în ​​CAN cât și în BKVN. În ciuda infecției intrarenale cu virusul BKV la pacienții cu BKVN, observăm că niveluri scăzute ale virusului BK sunt detectate și la toate categoriile tx examinate și la martorii sănătoși, probabil deoarece virusul BK este comensal uman normal în urină, cu persistența sa în uroepiteliul uman. la niveluri scăzute la aproape toți pacienții examinați cu HC și rinichi tx nu este neașteptat.

TRATAMENTUL BOLILOR DE RINCHI: CISTANCĂ

DISCUŢIE

Un studiu al rolului microbiomului în transplantul de organe (13, 17, 34) ia în considerare impactul aportului alimentar, al digestiei, al metabolismului și al modulării; cu toate acestea, disbioza microbiotei din cauza medicamentelor tx și IS este un factor care contribuie la o scădere a microbilor predominanți de bază și, de asemenea, are ca rezultat o pierdere a diversității generale și apariția unor noi populații microbiene dominante (35). O descoperire foarte interesantă din acest studiu este că doar 8 din cei 37 de viruși identificați în acest set de date au fost descriși anterior la oameni și mulți dintre aceștia au fost, de asemenea, descriși ca fiind patogeni. Au fost descrise infecții umane cu unele dintre virusurile identificate, ceea ce sugerează că prezența lor în urină poate fi legată de patogeneza leziunii renale sistemice sau de bază. Infecția cu virusul Junin (un arenavirus) poate duce la o boală umană clinică, inclusiv febră, precum și o entitate cunoscută sub numele de febră hemoragică argentiniană (36). Virusul Tacaribe este un arenavirus care poate provoca, de asemenea, febră umană și boală hemoragică (36). Virusul HHV-6 este un virus foarte răspândit la copii și provoacă febră, diaree și erupții cutanate (37). Rinovirusurile sunt viruși ARN monocatenar care sunt cel mai infecțios agent la om și cel mai probabil vinovat pentru răceala comună (38). Virusul chlorella de suprafață Acanthocystis 1 a fost la 44% dintre oamenii sănătoși (39) și a fost descris doar în orofaringe și nu se știe ca fiind patogen pentru oameni. Virusul Marsilia este un virus ADN mare nucleocitoplasmatic care a fost descris în sângele și scaunul pacienților cu limfadenopatie nonfebrilă (40).

Virusul SV40 este un poliomavirus ADN care probabil a fost introdus în populația umană prin vaccinuri contaminate (41), iar infecția cu acest virus este frecvent co-infectată cu infecția cu virus BK, aceasta fiind o constatare aproape invariabilă în populația tx. Studii recente au evidențiat, de asemenea, rolul infecției cronice cu SV40 cu cancerele umane (42). Anticorpii împotriva antigenului T al SV40 reacţionează încrucişat cu antigenele T ai virusurilor BK şi JC, care sunt toate în familia poliomavirusului, iar coloraţia SV40 este utilizată pentru diagnosticarea infecţiei cu virus BK în BKVN. Expunerea la virusul BK, în rinichi, este observată la 90% din populația normală, iar datele noastre sugerează că viromul urinar are urme de proteine ​​virale BK în toate controalele sănătoase prelevate.

Replicarea virusului BK este observată la 10-60% dintre pacienții cu transmitere a rinichilor cărora li s-a descris că elimină virusul BK în urină, ceea ce este confirmat de datele noastre (Figura 2). Virusul BK este latent în celulele epiteliale tubulare renale și se știe că prevalența sa crește disfuncția imună și expunerea la imunosupresie (43). În acest studiu, nu am putut identifica diferențe specifice viromului urinar care ar putea distinge grupurile AR și BKVN, în ciuda faptului că aceste condiții sunt imunologic distincte și necesită abordări de tratament foarte diferite, adică minimizarea imunodepresiei în BKVN și creșterea imunodepresiei în AR. Categoria AR a fost confirmată și a existat o colorare negativă SV40 în țesutul cutiei examinate. Cu toate acestea, aceste date sugerează că detectarea BKVN poate fi sub-raportată la pacienții cu tx renal, iar modificările histologice pot fi neregulate, ducând la subdiagnosticarea bolii BKVN.

Dintre restul de 19 virusuri care nu au fost descrise anterior la om, s-a observat că următoarele sunt utilizate ca pesticide/insecticide (E. obliqua nucleopolyhedrovirus, Euproctis pseudoconspersa nucleopolyhedrovirus, Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus, H. zea single nucleopolyhedrovirus). Pesticidele utilizate în sănătatea publică sunt menite să limiteze potențialul bolii, dar se știe că ele își fac loc în țesuturile umane/lichidele corporale dacă nu sunt manipulate corespunzător și că dietele organice limitează numărul de pesticide în urina copiilor (44, 45) . Descoperirea acestor proteine ​​virale în probele de urină umană ridică problema expunerii mediului la acești posibili contaminanți nedescoperiți anterior.

Descoperirea unei prevalențe de 100 la sută a unor viruși numai în grupul de control sănătos sugerează că există comensali virali care pot exista fie fără rău, fie chiar se poate presupune că ar ajuta la adaptarea imună. Analiza arborelui filogenetic a acestor viruși poate fi interesantă, deoarece unii viruși, cum ar fi bacteriofagii, joacă un rol important în sănătate prin eliminarea bacteriilor patogene și ajutând la creșterea imunității înnăscute (16). O reducere a virusurilor sau fagilor de protecție poate duce la creșterea proliferării bacteriene, care se observă în contextul IS după tx rinichi. Secvențierea metagenomică a noilor specii virale găsite la pacienții tx sub IS poate identifica dacă expunerea la IS a schimbat tiparele de rezistență sau rezistența unora dintre viruși, în special cei care sunt mai predispuși la inflamație și imunitate (16). S-a demonstrat că tratamentul cu nanoparticule de argint reduce populațiile virale și bacteriene intestinale care sunt proinflamatorii (46). Microbiomii mucinofili pot fi mai predispuși să ofere imunitate protectoare non-gazdă, iar pierderea oricăror virusuri/microbi eozinofili cu IS poate fi, de asemenea, un factor determinant al riscului crescut de cistită și infecții ale tractului urinar observate la pacienți după tx.

Microbiomul se intersectează cu stări de sănătate și boală. Detectarea inedită a unui număr mare de viruși utilizați ca pesticide/insecticide este o descoperire surprinzătoare. Identificarea virusurilor care nu se așteaptă să fie prezenți în urină indică o posibilitate ca originea lor de a pătrunde în sistemele corporale prin ingestie (contaminarea alimentelor, apei sau a altor băuturi, cum ar fi laptele) sau prin absorbție cutanată (de exemplu, spălarea necorespunzătoare a mâinilor). De fapt, conform legii federale, un mic reziduu de contaminare cu pesticide/insecticide a alimentelor umane este recunoscut și acceptat (41, 47), chiar dacă nimeni până în prezent nu a examinat prezența lor în urină. De asemenea, este posibil ca aceste virusuri să colonizeze sau să invadeze tractul urinar prin infecție ascendentă, mai ales în contextul IS la un pacient cu rinichi tx, unde există o apărare imunitară scăzută a gazdei.

Validarea ulterioară a acestor rezultate prin evaluarea repertoriului viromului uman în diferite cohorte geografice și demografice de pacienți cu diferite cauze de leziune renală va identifica mai bine dacă repertoriul particular de proteine ​​virale observat în acest studiu este specific unui pacient, geografia lor, demografie sau subtipul bolii renale. Studii suplimentare de validare prin teste PCR virale urinare pot oferi o evaluare rapidă a impactului clinic al acestor virusuri în alte cohorte de leziuni renale. Interesant, în repertoriul peptidelor virale identificate, nu am observat niciun fag. Acest lucru este atribuit metodologiei utilizate pentru prepararea peptidelor din supernatantul urinar, care nu captează bacteriile (care se peletesc), gazda virusurilor fagice (48). Raportul virom bazat pe analiza secvenței ADN, de asemenea, nu a identificat fagi în raportul publicat (19). Studiul viromului urinar care a folosit izolarea bacteriofagului purificat folosind gradient de densitate a clorurii de cesiu a raportat identificarea fagilor (20). Toate aceste articole susțin că metodologia de pregătire a probelor influențează eventualele constatări.

Colonizarea, rezistența și ecologia microbiană au fost descrise și bine studiate în contextul infecțiilor microbiene (49) și s-a demonstrat că tratamentul cu antibiotice (în contextul tratării infecțiilor la animalele care formează produse alimentare sau ca parte a profilaxia antivirală pentru pacienții cu tx în primele 3-6 luni post-tx) elimină multe specii bacteriene și virale comensale din intestin și din alte fluide corporale și reduce apărarea antimicrobiană (50). Colonizarea de către microbiotă la începutul vieții modelează sistemul imunitar și creează o fereastră de oportunitate pentru o stare homeostatică, care, dacă este perturbată, în contextul tx și IS, poate contribui la inflamație. Abordările medicinei de precizie în viitor ar putea dori să personalizeze terapia de la o abordare „centrată pe microbiotă” și „centrată pe gazdă” la medicina de precizie. Până de curând, nu am acordat prea multă atenție microbiomului alimentar și înțelegem că multe infecții emergente pot fi transmise de alimente. Eforturile actuale de a dezvolta un instrument de urmărire a metagenomului care va evalua impactul diferitelor infecții - bacteriene, virale și fungice și amprentele lor digitale în contextul alimentelor pe care le consumăm, care pot fi influențate de temperatura ambientală, cauzalitatea de supraviețuire slabă a cohortei de animale, și practicile agricole, inclusiv tratarea solului (tratarea cu bromură de metil a solului ca pesticid, are ca rezultat o creștere uriașă a speciilor de Bacillus), sursele de apă [încărcături microbiene diferite în iaz față de apa de puț (51)], genetica soiului plantelor alimentare care poate duce la modificarea apărării plantelor față de microbi, plante și pesticide (51). Lipoproteinele virale și bacteriene pot fi responsabile pentru proprietățile imunomodulatoare, iar studiile recente sugerează, de asemenea, un rol pentru interacțiunea imunității înnăscute pentru reglarea diversității microbiomului și controlul infecției, prin linii celulare specifice, cum ar fi celulele T invariante ale mucoasei (celulele MAIT). Prin urmare, studii suplimentare care se concentrează asupra cauzei diversității microbiene a țesuturilor umane și impactul acesteia asupra inflamației și răspunsurilor imune vor fi esențiale pentru a fi efectuate ca parte a cercetărilor viitoare.

TRATAMENTUL BOLILOR DE RINCHI: CISTANCĂ

DECLARAȚIE DE ETICĂ

Toate probele de studiu au fost colectate de la copii și adolescenți adulți tineri transplantați între anii 2000 și 2011 la Spitalul de Copii Lucile Packard de la Universitatea Stanford. Studiul a fost aprobat de comitetele de etică de la Stanford University Medical School și UCSF Medical Center. Toți pacienții adulți și părinții/tutorii pacienților non-adulți au furnizat consimțământul informat scris pentru a participa la cercetare, în deplină aderare la Declarația de la Helsinki.

CONTRIBUȚIILE AUTORILOR

MS și TS au participat la proiectarea studiului; SN, TS, NM și MS au participat la scrierea articolului și la interpretarea rezultatelor; NM a efectuat analizele statistice și evaluarea rezultatelor; CN, KB-J și W-JQ au generat și procesat datele brute.

FINANȚAREA

Recunoaștem sprijinul din partea Universității din California San Francisco. Autorii recunosc sprijinul de finanțare de la NIDDK R01DK083447 (către MS), DP3 DK110844 (W-JQ) și P41 GM103493 (W-JQ).

TRATAMENTUL BOLILOR DE RINCHI: CISTANCĂ

REFERINŢĂ

1. Potgieter M, Bester J, Kell DB, Pretorius E. Microbiomul de sânge latent în bolile cronice, inflamatorii.FEMS Microbiol Rev(2015) 39(4):567–91. doi:10.1093/female/fuv013

2. Zhang Y, Zhao F, Deng Y, Zhao Y, Ren H. Analiza metagenomică și metabolomică a efectelor toxice ale microbiomului intestinal indus de tri-cloroacetamidă și perturbațiilor metabolomului urinar la șoareci.J Proteom Res(2015) 14(4):1752–61. doi:10.1021/pr5011263

3. Lewis DA, Brown R, Williams J, White P, Jacobson SK, Marchesi JR, et al. Microbiomul urinar uman; ADN bacterian în urina vidată a adulților asimptomatici.Față Celulă Infecta Microbiol(2013) 3:41. doi:10.3389/fcimb.2013.00041

4. Fouts DE, Pieper R, Szpakowski S, Pohl H, Knoblach S, Suh MJ și colab. Secvențierea integrată de generație următoare a 16S rDNA și metaproteomics diferențiază microbiomul urinar sănătos de bacteriuria asimptomatică din vezica neuropatică asociată cu leziuni ale măduvei spinării.J Transl Med(2012) 10:174. doi:10.1186/1479-5876-10-174

5. Lim Y, Totsika M, Morrison M, Punyadeera C. Profilurile microbiomului salivare sunt afectate minim de metodele de colectare sau protocoalele de extracție a ADN-ului.Sci reprezentant(2017) 7(1):8523. doi:10.1038/s41598-017-07885-3

6. Nasidze I, Quinque D, Li J, Li M, Tang K, Stoneking M. Analiza comparativă a diversității microbiomului saliv uman prin abordări de pirosecvențiere și clonare cu coduri de bare.Anal Biochim(2009) 391(1):64–8. doi:10.1016/j.ab.2009.04.034

7. Wang Y, Kasper LH. Rolul microbiomului în tulburările sistemului nervos central.Creier Comportament Imun(2014) 38:1–12. doi:10.1016/j.bbi.2013.12.015

8. Lee SH, Sung JY, Yong D, Chun J, Kim SY, Song JH și colab. Caracterizarea microbiomului în lichidul de lavaj bronhoalveolar al pacienților cu cancer pulmonar în comparație cu leziuni asemănătoare masei benigne.Plămân Cancer(2016) 102:89–95. doi:10.1016/j.lungcan.2016.10.016

9. Twigg HL III, Morris A, Ghedin E, Curtis JL, Huffnagle GB, Crothers K și colab. Utilizarea lavajului bronhoalveolar pentru a evalua microbiomul respirator: semnal în zgomot.Lancet Respir Med(2013) 1(5):354–6. doi:10.1016/S2213-2600 (13)70117-6

10. Human Microbiome Project Consortium. Un cadru pentru cercetarea microbiomului uman.Natură(2012) 486(7402):215–21. doi:10.1038/nature11209

11. Kroemer A, Elsabbagh AM, Matsumoto CS, Zasloff M, Fishbein TM. Microbiomul și implicațiile sale în transplantul intestinal.Curr Opinează Organ Transplant(2016) 21(2):135–9. doi:10.1097/MOT.0000000000000278

12. Weber D, Oefner PJ, Hiergeist A, Koestler J, Gessner A, Weber M, et al. Nivelurile scăzute de indoxil sulfat urinar la începutul transplantului reflectă un microbiom perturbat și sunt asociate cu un rezultat slab.Sânge(2015) 126(14):1723–8. doi:10.1182/blood-2015-04-638858

13. Vindigni SM, Surawicz CM. Microbiomul intestinal: un jucător semnificativ clinic în transplant?Expert Rev Clin Imunol(2015) 11(7):781–3. doi:10.158 6/1744666X.2015.1043894

14. Becker J, Poroyko V, Bhorade S. Microbiomul pulmonar după transplantul pulmonar.Expert Rev Respir Med(2014) 8(2):221–31. doi:10.1586/17476348.20 14.890518

15. Hartman AL, Lough DM, Barupal DK, Fiehn O, Fishbein T, Zasloff M, et al. Microbiomul intestinal uman adoptă o stare alternativă după transplantul de intestin subțire.Proc Natl Acad Sci U S A(2009) 106(40):17187–92. doi:10.1073/pnas.0904847106

16. Rani A, Ranjan R, McGee HS, Andropolis KE, Panchal DV, Hajjiri Z, et al. Microbiomul urinar al pacienților cu transplant de rinichi dezvăluie disbioză cu potențial de rezistență la antibiotice.Transl Res(2017) 181:59–70. doi:10.1016/j. trsl.2016.08.008

17. Fricke WF, Maddox C, Song Y, Bromberg JS. Caracterizarea microbiotei umane în cursul transplantului renal.A.m J Transplant(2014) 14(2):416–27. doi:10.1111/ajt.12588

18. Lee JR, Muthukumar T, Dadhania D, Toussaint NC, Ling L, Pamer E, et al. Structura comunității microbiene intestinale și complicațiile după transplantul de rinichi: un studiu pilot.Transplantul(2014) 98(7):697–705. doi:10.1097/ TP.0000000000000370

19. Rani A, Ranjan R, McGee HS, Metwally A, Hajjiri Z, Brennan DC și colab. Un virom divers la pacienții cu transplant de rinichi conține mai multe subtipuri virale cu polimorfisme distincte.Sci reprezentant(2016) 6:33327. doi:10.1038/srep33327

20. Santiago-Rodriguez TM, Ly M, Bonilla N, Pride DT. Viromul urinar uman este asociat cu infecții ale tractului urinar.Față Microbiol(2015) 6:14. doi:10.3389/fmicb.2015.00014