Partea 6: Cartografierea interacțiunii epigenomice și transcriptomice în timpul formării și retragerii memoriei în ansamblul de engrame hipocampice

ali.ma@wecistanche.com

Vă rugăm să faceți clic aici pentru partea 5

Apasa peTulpina de Cistanche poate îmbunătăți memoria

Referințe

1. Alberini CM Factori de transcripție pe termen lungMemorieși plasticitatea sinaptică. Physiol. Apoc. 89, 1–46 (2014).

2. Josselyn SA, Köhler S & Frankland PW Găsirea engramei. Nat. Rev. Neurosci 16, 521–534(2015). [PubMed: 26289572]

3. Albo Z & GräffJ Engram Excitation. Neuron 101, 198–200 (2019). [PubMed: 30653932]

4. Poo M. ming și colab. Ce estememorie? Starea actuală a engramei. BMC Biol (2016). doi:10.1186/s12915-016-0261-6

5. Guenthner CJ, Miyamichi K, Yang HH, Heller HC și Luo L Acces genetic permanent la neuronii activi tranzitoriu prin TRAP: Populații inactive de recombinare vizată. Neuron 78, 773–784 (2013). [PubMed: 23764283]

6. Denny CA și colab. HipocampalmemorieUrmele sunt modulate diferențial de experiență, timp și neurogeneza adultului. Neuron 83, 189–201 (2014). [PubMed: 24991962]

7. Ramirez S et al. Crearea unui falsMemorieîn Hipocamp. Știință (80-.). 341, 819–824(2013).

8. Khalaf O și colab. Reactivarea neuronilor induși de reamintire contribuie la teama de la distanțămemorieatenuare. Știință (80-.). 1242, 1239–1242 (2018).

9. Levenson JM & Sweatt JD Mecanisme epigenetice înmemorieformare. Nat. Rev. Neurosci 6, 108–118 (2005). [PubMed: 15654323]

10. Gräff J și colab. Amorsarea epigenetică amemorieactualizare în timpul reconsolidării pentru a atenua amintirile de frică de la distanță. Celula 156, 261–276 (2014). [PubMed: 24439381]

11. Nguyen TA și colab. Comparație funcțională de înaltă performanță a activităților promotoare și amplificatoare. Genome Res 26, 1023–1033 (2016). [PubMed: 27311442]

12. Malik AN și colab. Identificarea și caracterizarea la nivel de genom a amplificatorilor funcționali dependenți de activitatea neuronală. Nat Neurosci 17, 1330–1339 (2015).

13. Su Y și colab. Activitatea neuronală modifică peisajul accesibilității cromatinei în creierul adult. Nat.Neurosci 20, 476–483 (2017). [PubMed: 28166220]

14. Rajarajan P, Gil SE, Brennand KJ & Akbarian S Organizarea și cunoașterea genomului spațial. Nat. Rev. Neurosci 17, 681–691 (2016). [PubMed: 27708356]

15. Lieberman-Aiden E et al. Cartografierea cuprinzătoare a interacțiunilor pe distanță lungă dezvăluie principiile de pliere ale genomului uman. Știință (80-.). (2009). doi:10.1126/science.1181369

16. Dekker J și colab. Proiectul nucleom 4D. Natura (2017). doi:10.1038/nature23884

17. Yu M & Ren B Organizarea tridimensională a genomilor mamiferelor. Annu. Rev. Cell Dev. Biol (2017). doi:10.1146/annurevcellbio-100616-060531

18. Shlyueva D, Stampfel G și Stark A Amplificatori transcripționali: de la proprietăți la predicții la nivel de genom. Nat. Rev. Genet 15, 272–286 (2014). [PubMed: 24614317]

19. Nader K, Schafe GE & Le Doux JE Amintirile de frică necesită sinteza proteinelor în amigdală pentru reconsolidare după recuperare. Natura (2000). doi:10.1038/35021052

20. Rao-Ruiz P et al. Profilarea transcriptomului specific engramei contextualememorieconsolidare. Nat. Comun (2019). doi:10.1038/s41467-019-09960-x

21. Halder R și colab. Modificările de metilare a ADN-ului în genele de plasticitate însoțesc formarea și menținerea memoriei. Nat. Neurosci. 19, 102–110 (2015). [PubMed: 26656643]

22. Park CS, Rehrauer H și Mansuy IM Analiza la nivel de genom a acetilării H4K5 asociată cu fricamemoriela soareci. BMC Genomics (2013). doi:10.1186/1471-2164-14-539

23. Kim T și colab. Transcriere pe scară largă la amplificatori reglați de activitatea neuronală. Natura 465, 182– 187 (2010). [PubMed: 20393465]

24. Vierbuchen T et al. Factorii de transcripție AP-1 și complexul BAF mediază selecția amplificatorului dependent de semnal. Mol. Celula 68, 1134–1146.e6 (2017). [PubMed: 29225033]

25. Weintraub AS și colab. YY1 este un regulator structural al buclelor enhancer-promotor. Celula 171, 1573– 1588.e28 (2017). [PubMed: 29224777]

26. Bonev B și colab. Recablarea genomului 3D la scară multiplă în timpul dezvoltării neuronale ale mouse-ului. Celula 171, 557–572.e24 (2017). [PubMed: 29053968]

Cistanche poate îmbunătăți memoria

27. Fernandez-Albert J și colab. Semnături epigenomice imediate și amânate ale activării neuronale in vivo în hipocampul de șoarece. Nat. Neurosci (2019). doi:10.1038/s41593-019-0476-2

28. Yamada T și colab. Experiența senzorială remodelează arhitectura genomului în circuitul neuronal pentru a stimula învățarea motorie. Natura (2019). doi:10.1038/s41586-019-1190-7

29. Schoenfelder S et al. Circuitele de reglare pluripotente care conectează promotorii la elementele lor de interacțiune pe distanță lungă. Genom Res. 25, 582–597 (2015). [PubMed: 25752748]

30. Sanyal A, Lajoie BR, Jain G & Dekker J Peisajul de interacțiune pe termen lung al promotorilor de gene. Natura (2012). doi:10.1038/nature11279

31. Joo JY, Schaukowitch K, Farbiak L, Kilaru G și Kim TK Funcționalitate combinatorie specifică stimulului a amplificatorilor neuronali c-fos. Nat. Neurosci (2015). doi:10.1038/nn.4170

32. Jaeger BN și colab. O nouă semnătură transcripțională evocată de mediu prezice reactivitatea neuronilor cu granule dentate unice. Nat. Comun (2018). doi:10.1038/s41467-018-05418-8

33. Tyssowski KM și colab. Diferite modele de activitate neuronală induc diferite programe de exprimare a genelor. Neuron (2018). doi:10.1016/j.neuron.2018.04.001

34. Gaidatzis D, Burger L, Florescu M & Stadler MB Analiza citirilor intrronice și exonice în datele ARN-seq caracterizează reglarea transcripțională și post-transcripțională. Nat. Biotechnol (2015). doi:10.1038/nbt.3269

35. Chandra D și colab. Subunitățile receptorului GABAA 4 mediază inhibarea extrasinaptică în talamus și girusul dintat și acțiunea gaboxadolului. Proc. Natl. Acad. Sci (2006). doi:10.1073/ pans.0604304103

36. Pignatelli M et al. Starea de excitabilitate a celulei Engram determină eficacitatea recuperării memoriei. Neuron 101, 274–284.e5 (2019). [PubMed: 30551997]

37. Sun X și colab. Ansambluri neuronale distincte din punct de vedere funcțional în cadrul engramei de memorie. Celula (2020). doi:10.1016/j.cell.2020.02.055

38. Yuan A & Nixon RA Roluri specializate ale proteinelor neurofilamentului în sinapse: relevanță pentru tulburările neuropsihiatrice. Brain Research Bulletin (2016). doi:10.1016/j.brainresbull.2016.09.002

39. Bramham CR & Wells DG ARNm dendritic: transport, translație și funcție. Nat. Rev. Neurosci 8, 776–789 (2007). [PubMed: 17848965]

40. Choi JH et al. Hărțile sinaptice interregionale dintre celulele engramei stau la bazamemorieformare. Știință (80-.). (2018). doi:10.1126/science.aas9204

41. Shi SH și colab. Livrarea rapidă a coloanei vertebrale și redistribuirea receptorilor AMPA după activarea receptorului sinaptic NMDA. Știință (80-.). (1999). doi:10.1126/science.284.5421.1811

42. Ostroff LE, Fiala JC, Allwardt B & Harris KM Poliribozomii se redistribuie din arborii dendritici în coloane cu sinapse mărite în timpul LTP în cursul de dezvoltare a bucăților de hipocamp de șobolan. Neuron (2002). doi:10.1016/S0896-6273(02)00785-7

43. Chung SH și colab. Zac1 joacă un rol cheie în dezvoltarea unor subseturi neuronale specifice în cerebelul șoarecelui. Neural Dev (2011). doi:10.1186/1749-8104-6-25

44. Ravasi T et al. Un atlas al reglementării transcripționale combinatorii la șoarece și om. Celula (2010). doi:10.1016/j.cell.2010.01.044

45. Schlisio S, Halperin T, Vidal M & Nevins JR Interacțiunea lui YY1 cu E2F, mediată de RYBP, oferă un mecanism pentru specificitatea funcției E2F. EMBO J 21, 5775–5786 (2002). [PubMed: 12411495]

46. ​​Korb E, Wilkinson CL, Delgado RN, Lovero KL și Finkbeiner S Arcul din nucleu reglează transcripția GluA1 dependentă de PML și plasticitatea homeostatică. Nat. Neurosci (2013). doi:10.1038/nn.3429

47. Prickett AR și colab. Analiza la nivelul genomului și al alelelor parentale specifice legării CTCF și a ADN-ului coezin în creierul șoarecelui dezvăluie un model de legare specific țesuturilor și o asociere cu regiunile metilate diferențiat imprimate. Genome Res 23, 1624–1635 (2013). [PubMed: 23804403]

48. Kinde B, Wu DY, Greenberg ME și Gabel HW Metilarea ADN-ului în corpul genei influențează represiunea genică mediată de MeCP2-. Proc. Natl. Acad. Sci 113, 15114–15119 (2016). [PubMed: 27965390]

49. Buenrostro JD, Giresi PG, Zaba LC, Chang HY & Greenleaf WJ Transpunerea cromatinei native pentru profilarea epigenomică rapidă și sensibilă a cromatinei deschise, a proteinelor de legare a ADN-ului și a poziției nucleozomului. Nat. Metodele 10, 1213–1218 (2013). [PubMed: 24097267]

50. Langmead B & Salzberg SL Aliniere rapidă cu citire întreruptă cu papion 2. Nat. Metode (2012). doi:10.1038/nmeth.1923

51. Li H şi colab. Formatul Sequence Alignment/Map și SAMtools. Bioinformatică (2009). doi:10.1093/bioinformatics/btp352

52. Zhang Y și colab. Analiza bazată pe model a ChIP-Seq (MACS). Genome Biol (2008). doi:10.1186/ GB-2008-9-9-r137

53. Stark R & Brown G DiffBind: analiza de legare diferențială a datelor de vârf ChIP-Seq. Cancer Res (2011). doi:10.1093/nar/gkv1191

54. Robinson MD & Oshlack AA metoda de normalizare a scalarii pentru analiza expresiei diferențiale a datelor ARN-seq. Genome Biol (2010). doi:10.1186/GB-2010-11-3-r25

55. Thorvaldsdóttir H, Robinson JT și Mesirov JP Integrative Genomics Viewer (IGV): Vizualizarea și explorarea datelor genomice de înaltă performanță. Scurt. Bioinform (2013). doi:10.1093/bib/bbs017

56. Ernst J & Kellis M Descoperirea stării cromatinei și adnotarea genomului cu ChromHMM. Nat. Protoc 12, 2478–2492 (2017). [PubMed: 29120462]

57. Benner C, Heinz S & Glass CK HOMER - Software pentru descoperirea motivelor și analiza de secvențiere de generație următoare. Http://Homer.Ucsd.Edu/ (2017).

58. Schep AN și colab. Amprentele nucleozomilor structurate permit maparea de înaltă rezoluție a arhitecturii cromatinei în regiunile de reglementare. Genome Res (2015). doi:10.1101/gr.192294.115

59. Heinz S și colab. Combinații simple de factori de transcripție care determină descendența primesc elementele de reglare cis necesare pentru identitățile de macrofage și celulele B. Mol. Celula (2010). doi:10.1016/ j.molcel.2010.05.004

60. Trapnell C și colab. Analiza exprimării genei diferențiale și a transcripției a experimentelor ARN-seq cu TopHat și Cufflinks. Nat. Protoc (2012). doi:10.1038/nprot.2012.016

61. Robinson MD, McCarthy DJ și Smyth GK edgeR: Un pachet bioconductor pentru analiza expresiei diferențiale a datelor digitale de expresie a genelor. Bioinformatică (2009). doi:10.1093/ bioinformatics/btp616

62. Nagano T și colab. Hi-C cu o singură celulă pentru detectarea la nivelul întregului genom a interacțiunilor cromatinei care apar simultan într-o singură celulă. Nat. Protoc 10, 1986–2003 (2015). [PubMed: 26540590]

63. Wingett SW și colab. HiCUP: o conductă pentru maparea și procesarea datelor Hi-C. F1000Research (2015). doi:10.12688/f1000research.7334.1

64. Cairns J și colab. Chicago: detectarea robustă a interacțiunilor de buclă ADN în datele Capture Hi-C. Genome Biol 17, 1–17 (2016). [PubMed: 26753840]

65. Kagey MH și colab. Mediatorul și cohesina conectează expresia genelor și arhitectura cromatinei. Natura (2010). doi:10.1038/nature09380

Fig. 1. Identificarea temporală și spațială a celulelor engramă activate și reactivate.

(a) Reprezentarea schematică a designului experimental. Șoarecii TRAP au fost expuși inițial la antrenament în care un stimul condiționat (context) și necondiționat (șoc la picioare, FS) au fost împerecheați într-o scurtă fereastră de expunere la 4-hidroxitamoxifen (TAM). Patru populații neuronale diferite (bazal, activat – timpuriu, activat – târziu și reactivat) au fost sortate prin citometru de flux și supuse pregătirii bibliotecii pentru nRNA-seq, ATAC-seq, Hi-C și pc-HiC.

(b) Imagini reprezentative (DG) și cuantificări ale hipocampului întreg ale eYFP plus neuroni după tratamentul TAM în cușcă acasă (naivi, n=4 șoareci/6 felii per animal), 1,5 ore (Activat - timpuriu, n {{4} }} șoareci/4 felii per animal) și 5 zile (Activat – târziu, n=4 șoareci/8 felii per animal) după expunere după FS. Bara de scară reprezintă 200 μm. Graficul cu puncte indică barele medii și de eroare (SEM), ANOVA unidirecțional (parametric, nepereche), F (2, 70)=240.3, P<0.0001. bonferroni's="" multiple="" comparisons="" test;="" hc="" vs.="" early="" ***p="0.0007," hc="" vs.="" late****p="" <="" 0.0001,="" early="" vs.="" late="" ****p="" <="">

(c) Cuantificări ale neuronilor activați-tarzi și reactivați din hipocamp în două grupuri experimentale; CFC cu (CFC plus TAM, n {{0}} șoareci/8 felii per animal) sau fără (CFC NO-TAM, n=4 șoareci/6 felii pe animal) administrare de tamoxifen. Dot-plot indică media și barele de eroare (SEM), testul t Student neîmperecheat pe două fețe, Activat – târziu; t=25,65, df=47, Reactivat; t=11.00, df=52, ****P <>

(d) Imagini reprezentative și cuantificări din diferite regiuni ale hipocampului. Numărul de nuclee pozitive a fost analizat folosind IMARIS (vezi metodele) de la DG, CA1 și CA3. Bara de scară reprezintă 100 μm. n=5 șoareci/ Activat – timpuriu: 6 felii per animal, n=6 șoareci/ Activat – târziu: 6 Reactivat: 6 felii per animal. Graficul cu puncte indică barele medii și de eroare (SEM), ANOVA unidirecțional (parametric, nepereche), Early; F (2, 42)=13.46. Târziu; F (2, 95)=556.3. Reactivat; F (2, 89)=83.53. Toate Ps < 0,0001.="" testul="" de="" comparații="" multiple="" al="" lui="" bonferroni,="" *p="0.029," **p{="0.0075," ***p{="0.0009,">< 0.0001.="" (e)="" valuation="" of="" context="" effects="" on="" the="" number="" and="" the="" distribution="" of="" hippocampal="">memorieurme.

(f) Cuantificări ale neuronilor activați-tarzi și reactivați din grupul AB (n=6 șoareci/6 felii per animal), în comparație cu grupul AA (n=5 șoareci/6 felii per animal). Graficul cu puncte indică media și barele de eroare (SEM), testul t Student neîmperecheat pe două fețe, Activat – târziu; t=0,08292, df=59, P=0,9342. Reactivat; t=8.385, df=57, ****P< 0.0001.n.s="">

Fig. 2. Peisajul accesibilității cromatinei în timpul formării și rememorării memoriei.

(a) Regiunile diferențiale accesibile (DAR) sunt afișate într-o diagramă vulcanică (comparații în perechi, FDR < 0.01;="" modificări="" ale="" ori=""> 1,5), n=3 eșantioane independente din punct de vedere biologic. (b) Analiza regiunii comune dobândite-accesibile (stabilă), dobândită la 90 de minute după FS (Activat - timpuriu), care rămân accesibile în starea târzie de consolidare (Activat - târziu) și rechemare (Reactivat). DAR stabile suprapuse au fost luate în considerare numai dacă au apărut în cel puțin 2 replici biologice într-o anumită stare.

(c) Urme reprezentative ale browserului genomului IGV ale locusului Arc.

(d) Analiza adnotărilor (instrumente HOMER) pentru toate DAR-urile. Numerele de pe axa y indică valorile raportului Log2 ale loci observați (numărul de DAR) față de așteptat (dimensiunea totală (pb)) ale TTS, exoni, introni, intergenici și promotori. Valoarea P a fost calculată de HOMER

unelte; Bazal vs. Activat -devreme (Intergenic *P=1.73 × 10−103), Activat -devreme vs. Activat -tardiv (TTS *P=0.0339, Promotor *P {{9} }.48 × 10−39), Activat -tarziu vs. Reactivat (Promotorul *P=2.48 × 10−6), stabil (Intergenic *P=0.0358).

(e) Stările de emisie ale modificării histonelor (stânga) și ofertele de analiză de îmbogățire față de emisii folosind ChromHMM. Scala de îmbogățire pliată (FE) {{0}}–30. Valoarea și p a fost determinată de valoarea scorului z (așa cum este calculată în datele extinse Fig. 2c), analiza completă este raportată în tabelul suplimentar 3. *P <0,00001, raportat="" numai="" pentru="" valorile="" îmbogățite="" (nu="">

(f) Chip-qPCR. Probele au fost imunoprecipitate cu anticorpi împotriva H3K27ac sau H3K4me1 și supuse la PCR în timp real cu două seturi de primeri pentru potențiatori potențiali identificați. H3K27ac: n=4, H3K4me1 n=3, Dot-plot indică media și barele de eroare (SEM), ANOVA unidirecțional (parametric, nepereche) cu testul de comparații multiple al lui Dunnett, Enhancer 1; H3K27ac - F (3, 12)=4.664, P=0.02, (bazal versus activat-tardiv *P=0.0246, bazal versus reactivat * P=0,0232), H3K4me1 - F (3, 8)=0,845, P=0,506. Amplificator 2; H3K27ac - F (3, 12)=5.221, P=0.0155, (bazal vs. activat -tardiv **P=0.0059), H3K4me1 - F (3, 8)=1.719, P=0.24. Amplificator 3; H3K27ac - F (3, 12)=29,91, P < 0,0001,="" h3k4me1="" -="" f="" (3,="" 8)="10,39," p="0,0039," (="" bazal="" vs.="" activat="" -devreme="" *p="0.0298," bazal="" vs.="" activat="" -tardiv="" **p="" {="0.0021," bazal="" vs.="" reactivat="" **p="" {="0.0063)." amplificator="" 4;="" h3k27ac="" -="" f="" (3,="" 12)="6.273," p="0.0083," (basal="" vs.="" activat="" -tardiv="" **p="" {="0.007," bazal="" vs.="" reactivat="" *p="" {="" {102}}.0152),="" h3k4me1="" -="" f="" (3,="" 8)="9.901," p="0.0045," (bazal="" vs.="" reactivat="" **p="0">

Fig. 3. Comutarea subcompartimentului în diferitele faze alememorieformare și rechemare.

(a) Harta termică de corelație Hi-C reprezintă compartimentarea chr6 pentru celulele bazale, activate - timpurii și activate - târzii. Compartimente calculate de Juicer la rezoluție de 500 kb (observat – normalizat așteptat).

Activat -tarziu). Comutatorul de compartiment a fost luat în considerare numai dacă o valoare negativă a fost transformată într-o valoare pozitivă și invers.

(c) Imagini reprezentative din browserul IGV care arată comutarea stabilă a compartimentului de la A la B (panoul superior) și de la B la A (panoul inferior) în diferitememoriefaze.

(d) Analiza suprapunerii între DAR în faza incipientă (Basal vs. Activat – timpuriu) și compartimentul comutat stabil. Diagrama Venn din stânga arată DAR-urile câștigate și compartimentul stabil comutat de la B la A. Dreapta, diagrama Venn arată DAR-urile pierdute și compartimentul stabil comutat de la A la B.

(e) Ilustrație a comutatorului de compartiment indus de activitate și a interacțiunilor specifice promotor-amplificatori.

Fig. 4. Promotorii interacționează mai frecvent cu un subset distinct de amplificatori în timpul fiecăruia

(a) Harta termică reprezintă scorul de interacțiune definit de Chicago, pentru fiecare populație. Bazal: n=3, activat - timpuriu, activat - târziu și reactivat: n=4 eșantioane independente din punct de vedere biologic.

(b) Diagramele de vioară arată distribuția și intensitatea (scara log10) interacțiunii care au fost fie unice, fie împărtășite de cel puțin 3 populații (comune). ANOVA unidirecțional (parametric, nepereche), F (4, 57922)=2364, P < 0,0001.="" testul="" de="" comparații="" multiple="" al="" lui="" bonferroni,="" ns="nesemnificativ" (p="0,7659)," *p=""><>

(c) Frecvența interacțiunii promotor-amplificator măsurată prin 3C-qPCR pentru loci selectați. Patru seturi de primeri care cuprind interacțiunea între promotor-amplificator (P/E) și trei loci aleatori în interiorul buclei (P/Ein), în afara buclei (P/Eout) și pe promotor (P/Pin).

Citirile au fost normalizate la valorile de interacțiune promotor-amplificator ale genei de menaj Actin. n=3 probe biologic independente. Datele sunt prezentate ca valori medii cu bare de eroare care indică SEM, ANOVA în două sensuri. Eif3d; populație × locație de interacțiune (F

(9, 32)=1.917, P{=0.0851), doar efectul locației interacțiunii (F (3, 32)=22.64, P < 0,0001).="" grik3;="" populație="" ×="" locație="" de="" interacțiune="" f="" (9,="" 32)="0.1716." testul="" de="" comparații="" multiple="" al="" lui="" bonferroni,="" p/e="" bazal="" vs.="" reactivat="" **p="">

(d) Evenimente de amorsare reprezentative ale locusului Eif5a. Browserul IGV Genome urmărește dinamica de accesibilitate a cromatinei (urme colorate) pe promotor (dreptunghi gri) și amplificatori (dreptunghi albastru). Track-urile browserului WashU prezintă o interacțiune semnificativă promotor-amplificator prin arcuri (violet - Bazal, verde deschis - Activat - timpuriu, verde închis - Activat - târziu și portocaliu - Reactivat).

Fig. 5. Semnătura transcripțională a neuronilor engramei reactivați

(a) Analiza în perechi a DEG-urilor de la șoarecii capcana hipocampusului care au fost expuși la CFC sunt prezentate într-o diagramă vulcanică (FDR<0.01; log2fc="" >="" 2).="" n="3" biologically="" independent="">

nepereche), urmată de testul de comparație multiplă al lui Bonferroni. Dw–Târzie; F (3, 1032)=42.19, Up-Late; F (3, 280)=752.5, Stabil; F (3, 764)=92.28, Reactivare; F (3, 1744) =597.4. Toate Ps < 0,0001.="" test="" de="" comparații="" multiple,="" ns="nesemnificativ," ***p="">< 0,0001.="" (d)="" analiza="" ontologiei="" genelor="" (go)="" (toppfun)="" pentru="" deg-urile="" care="" au="" fost="" identificate="" în="" fiecare="" cluster.="" (e)="" deg="" reprezentative="" din="" fiecare="" cluster.="" log2fc="" din="" starea="" bazală="" este="" prezentat="" în="" trei="" replici="" biologice.="" linia="" reprezintă="" media="" calculată.="" n="3" eșantioane="" independente="" din="" punct="" de="" vedere="" biologic,="" anova="" unidirecțional="" (parametric,="" nepereche)="" cu="" testul="" de="" comparații="" multiple="" al="" lui="" dunnett,="" ns="nesemnificativ." gad1;="" f="" (3,="" 8)="4.387," p="0.04." *p="0.0268." gabrb3;="" f="" (3,="" 8)="6.184," p="0.0177." *p="0.0441." odihnă;="" f="" (3,="" 8)="23.23," p{="0.0003." ***p="0.0268." map4k4;="" f="" (3,="" 8)="6.244," p{="0.0172." *p="0.0151." nefl;f="" (3,="" 8)="12.06," p{="0.0024." **p="0,0059," **p="" {="0,0014." nefh;="" f="" (3,="" 8)="21,50," p{="0,0003." *p="0.016," ***p="" {="0.0008," ***p="" {="0.0002." eif5a;="" f="" (3,="" 8)="8.482," p{="0.0072." **p="0.004." eif4h;="" f="" (3,="" 8)="26,58," p="0,0002." ***p="">

Cistanche poate îmbunătăți memoria

(f) Imagini reprezentative și cuantificarea nivelurilor de proteină Eif4e din Activat - timpuriu, Activat - târziu și Reactivat. Pentru cuantificare, pe IMARIS au fost construite două suprafețe separate; soma celulară și diafisul dendritic. Numărul de Eif4e puncta a fost măsurat numai în limitele acestor suprafețe. Datele pentru arborele dendritic sunt prezentate ca raport între număr și lungime (μM). Bara de scară reprezintă 10 μm. n=4 șoareci /5 secțiune per animal, diagrama cu casetă indică media, intervalul intercuartil și ANOVA minim și maxim, unidirecțional (parametric, nepereche), Shaft; F (2, 28)=5.113, P=0.0128. Soma; F (2, 43)=3,026, P=0,0589. testul de comparații multiple al lui Bonferroni; Arbore; Activat -devreme vs. Reactivat *P=0.0324, Activat -tarziu vs. Reactivat *P=0.0324

(g) Imagini reprezentative (panoul din stânga) și cuantificare (panoul din dreapta) a nivelurilor de proteină Gria1, în timpul diferitelor faze alememorie. Au fost analizate trei populații de neuroni (Activați - timpuriu, Activați - târziu și Reactivați), pe baza imunoreactivității eYFP și a Arcului endogen. Pentru cuantificare, suprafețele MARIS au fost construite pe arborele dendritic și numărul de puncte GRIA1 a fost măsurat numai în limitele suprafeței (<1μm threshold).="" data="" is="" presented="" as="" a="" ratio="" between="" several="" puncta="" and="" the="" shaft="" length.="" the="" scale="" bar="" represents="" 10="" μm.="" n="4" mice="" section="" per="" animal,="" boxplot="" indicates="" the="" mean,="" interquartile="" range,="" and="" the="" minimum="" and="" maximum,="" one-way="" anova,="" f="" (2,="" 16)="15.22," p="0.0002." bonferroni's="" multiple="" comparisons="" test,="" **p="0.002," ***p="">

Fig. 6. Reprogramarea secvenţială a accesibilităţii cromatinei, interacţiunilor promotor-amplificator şi

Graficele cu linii pentru fiecare grup K-medii arată media (scara log2) a (a) modificărilor transcripționale (valorile p așa cum sunt raportate în Fig. 5c, media a n=3 eșantioane independente din punct de vedere biologic) (b) accesibilitatea cromatinei ( valori RPKM normalizate, medie a n=3 eșantioane independente din punct de vedere biologic) și (c) scoruri de interacțiune promotor-amplificator (calculat de Chicago, medie bazală: n=3, Activat -devreme, Activat -tarziu și Reactivat : n=4 eșantioane independente din punct de vedere biologic) Măsuri repetate ANOVA unidirecțională (între grupuri).

638,7. Grajd; F (2.437, 4504)=717.9. Reactivare; F (2,434, 8481) {{10}}. Toate Ps < 0.0001.="" scoruri="" de="" interacțiune;="" dw-târzie;="" f="" (2,833,="" 7054)="46.86." treaz="" pana="" tarziu;="" f="" (2,94,="" 5442)="14,87." grajd;="" f="" (2,91,="" 5702)="21.5." reactivare;="" f="" (2.86,="" 11188)="44.94." toate="" ps="">< 0,0001.="" testul="" de="" comparații="" multiple="" al="" lui="" bonferroni,="" ***p=""><>

(de) Caracterizarea îmbogățirii motivelor pe amplificatori care interacționează, în fiecare cluster. ChromHMM a fost folosit pentru a construi stările de emisie folosind baza de date cu motive HOEMR (Egr1, Ap1, Slug, Plagl1, Hic2, Rest, CTCF, Yy1, Mecp2) și datele ChIP-seq publicate anterior (Ap1-Junb12, CTCF47, Mecp248). Patru stări au fost identificate ca i) control – eșantionare aleatoare a genomului, ii) represori puternici iii) bivalenți iv) activator puternic. Scala de îmbogățire pliată (FE)

0.15–20.